KRAS Kickers💪

Sunday, February 15

오늘은 여유롭게 속도를 많이 낮춰서 뛰려고 노력했는데, 비가 중간에 많이 쏟아져서 그런지 어째 저번 주보다 더 힘들게 달린 것 같다는 생각이 든다. 조금 미끄러져서인가 왼쪽 무릎이 좀 불편한 것 같은데 당분간 조심하려고 한다… 아프면 정말 운동도 못 가고 기분이 참 우울해지니 요즘엔 조금만 느낌이 이상해도 그냥 중단하곤 하는데 회복도 빠르고 훨씬 좋은 선택인 것 같다. 뭐 종일 공부하고 자료 준비한 것 외에는 한 게 없어서 딱히 할 말이 없다…

Today I tried to slow down a lot and run at an easy pace, but maybe because the rain started pouring halfway through, it somehow felt even harder than last week. I might have slipped a bit, and my left knee feels a little uncomfortable, so I’ll be careful for a while. When I get hurt, I cannot work out and my mood drops so easily. These days, if something feels even slightly off, I just stop right there. Recovery is faster, and it feels like a much better choice. Other than studying all day and preparing the presentation, I did not really do anything, so I do not have much to say.

Monday, February 16

오늘은 Presidents’ Day로 공휴일이라 수업이 없었다. 덕분에 연구실에 잠깐 들른 것 이외에는 계속 자료 준비하고 공부하고, 밀프렙하고 하루를 마무리했다. 전에도 얘기한 것 같은데, 연구는 내가 시간을 가장 많이 쏟는 부분에서 점점 전문성이 생기기 마련인데, 내가 이해해야 하는 부분이 너무 넓은 분야에 걸쳐있는 게 참 부담스럽다. 한쪽 랩 구성원들을 위한 발표를 준비한다고 치면 다른 한쪽 랩에서 할 발표와는 생각보다 전혀 다르게 접근해야 많은 사람의 공감을 얻어낼 수 있다는 점이 크게 다가왔다. 물론 난 지금까지 잘한 선택이라고 생각하는데, 그만큼 배울 게 더 많고 다양한 시각에서 다양한 사람들에게 조언을 얻을 수 있다는 점은 참 소중하기 때문.

Today was Presidents’ Day, so there were no classes. Thanks to that other than briefly stopping by the lab, I spent the whole day preparing materials, studying, and doing meal prep, and then wrapped up the day. I think I have said this before, but research naturally makes you more specialized in whatever you spend the most time on. Still, it feels overwhelming that what I need to understand spans such a wide range. It really hit me that if I am preparing a presentation for one side of the lab, I have to approach it in a completely different way than I would for the other side, if I want to get people to genuinely relate. I still think it has been the right choice so far, but that also means there is more to learn. And it is precious that I can get advice from many different people with many different perspectives.

Tuesday, February 17

오늘은 실험도 좀 하면서 발표 준비를 랩에 나가서 했다. 난 지금도 도저히 믿기가 힘든 게, 예전에 (뭐 멀리 갈 필요도 없이 당장 몇 년 전만 해도) 어떻게 본인이 하는 연구가 지금까지 이 세상 다른 수많은 연구자에 의해 이미 다른 방식으로라도 행해지지 않았는지 어찌 확신할 수 있었을까? 점점 더 내 연구에 깊이를 더해갈수록 많은 것을 알게 되고, 전혀 생각지 못한 방식으로 비슷한 결과를 만들고자 노력하는 선행 연구들이 생각보다 대단히 많았음을 알게 된다.

Today I went to the lab, did some experiments, and worked on my presentation there. Even now, what I find hard to believe is this. Not even that long ago, just a few years back, how could someone be confident that what they were doing had not already been done, even in a different way, by countless other researchers? The deeper I go into my research, the more I learn, and the more I realize there were far more prior studies than I expected, trying to reach similar outcomes in ways I had never even considered.

그리고 뭔가 실없는 생각일 수 있는데, 진짜 진짜 돈이 엄청 많다면 연구에 관한 아이디어를 직접 실현해 줄 수 있는 회사를 세워서 일을 맡기고 결과를 보고 싶다고 생각했다 ㅋㅋㅋ 물론 교수가 어떻게 보면 중소기업 사장에 가까운 느낌으로 난 이해하고 있지만, 막 우리가 생각하는 어마어마한 대기업처럼 온갖 최첨단 기술과 장비로 결과를 순식간에 볼 수 있는 그런거….🙂

And this might be a silly thought, but if I had an absurd amount of money, I would want to start a company that could directly execute my research ideas and let me see the results, lol. Of course, I understand that being a professor is kind of like running a small business. But I mean something like a huge corporation with every cutting edge tool and piece of equipment, where you can see results way faster🙂

Wednesday, February 18

어떻게든 잘 마쳤다. 부담이 장난 아니었고, 생각보다 질문을 엄청 많이 받아서 두 시간 내내 쉬지 않고 발표했는데 절반 조금 넘게까지 밖에 다루질 못했다. 물론 Kevan이 Background를 꼼꼼하게, 지금은 당연하게 생각했던 방법론 이전에 역사적으로 어떤 것들이 사용됐는지까지 정리하길 원했기에 좀 길어진 게 한몫했다. 다음부터는 뒤에 설명할 내용으로 어느 정도 충분히 이해가 될만한 질문들은 조금 빠르게 넘기는 융통성을 보여야 할 것 같지만, 그래도 굉장히 값진 의견과 조언을 들어서 행복했다. 정리할 게 엄청 많다!

Somehow, I made it through. The pressure was no joke, and I got way more questions than I expected, so I ended up presenting nonstop for the full two hours, but I only got through a little more than half of what I had planned. Part of that was because Kevan wanted me to cover the background carefully, including what people used historically before the methodologies we now take for granted. Next time, I think I should be a bit more flexible and move more quickly past questions that will be addressed later anyway. Still, I was really happy to hear such valuable opinions and advice. I have so much to organize!

Thursday, February 19

오늘은 운동만 가고, 하루 종일 방에서 어제 받았던 피드백을 정리했다. 새로운 platform을 개발하는 게 나의 학위 논문 주제라고 할 수 있는데, 아무리 좋다 한들 이것이 여러 원하는 단백질에도 generalizable 하게 적용될 수 없다면 파급력이 떨어지기 마련. 근데 내가 새로운 platform으로 얻어내려고 하는 장점들을 위해서는 아무리 찾아봐도 일반화를 포기해야만 할 것 같아서 고민이 많다. 일단 온종일 수십 개의 논문을 이리저리 찾아보면서 다른 접근 방법을 하나 찾았는데, 많이 공부가 필요하다.

Today I only went to work out, and then I stayed in my room all day organizing the feedback I got yesterday. Developing a new platform is basically my thesis topic, but no matter how good it is, its impact is limited if it cannot be applied in a generalizable way to many target proteins. The problem is, to get the advantages I want from this new platform, it feels like I might have to give up on generalization, no matter how much I look, and that has been bothering me. I spent the whole day digging through dozens of papers and found one alternative approach, but I have a lot more studying to do.

Friday, February 20

발표 준비 때문에 TA 과제 채점이 밀려서, 오전에는 거의 채점만 했다. 수업을 들은 뒤에는 TA를 갔다가, 오후에는 “KRAS Kickers Cancer Connect 2026” 에 참석했다. 이 행사는 KRAS 변이 암 환자와 돌봄 파트너, 연구자들을 한자리에 모아 연구, 환자 커뮤니티를 연결하는 걸 목표로 한다. Shokat lab에서 2013년에 “undruggable” 하다고 여겨지던 oncogenic KRAS 변이를 표적으로 삼을 수 있는 실마리를 잡아낸 이후, 우리 랩이 KRAS 단백질과 그 주변 pathway를 꾸준히 파고들어 온 배경이 있어서 이 행사에 꾸준히 참여해 오고 있다고 한다. 특별하게 느껴진 부분은 이 행사를 통해 연구가 논문을 넘어 환자, 가족, 임상의, 연구자 커뮤니티 전체와 맞닿아 있을 수 있다는 생각이 들었달까.

Because grading for my TA assignment got backed up while I was preparing, I spent almost the entire morning grading. After class, I went to my TA session, and in the afternoon I attended “KRAS Kickers Cancer Connect 2026.” This event aims to bring together patients with KRAS mutant cancers, care partners, and researchers in one place, and to connect research with the patient community. Since the Shokat lab found a lead in 2013 for avtargeting oncogenic KRAS mutation that was once considered “undruggable,” our lab has been consistently digging into KRAS and the surrounding pathways, and apparently that is why we have kept participating in this event over the years. What made it feel special was the sense that research extends beyond papers and truly touches patients, families, clinicians, and the broader research community.

이번 행사에서 각자 5분씩 본인 연구를 모두에게 소개하는 science talk이 있었는데, 발표가 모두 끝나고 실제 환자분들이 많은 응원과 감사의 표시를 하셔서 뭔가 엄청 뭉클했다. 내가 석사를 의약화학을 하고, 박사과정도 화학생물학으로 정하고, 연구실을 정하기까지 많은 고민이 있었지만 사람들에게 도움이 될 수 있는 약물을 개발하는데 기여를 할 수 있는 사람이 되고 싶다는 마음은 한결같았었다. 지금은 100% 직접적으로 약물을 개발하는 단계보다는 아직 잘 알려지지 않은 특정 단백질의 기능을 연구하는 방법론을 새로 창안하는 느낌이긴 하지만, 이것이 추후 전혀 다른, 그러나 도움이 되는 약을 개발하는 데 일조한다는 믿음을 갖고 연구를 하려고 한다.

There was a science talk session where each person gave a five-minute presentation about their research, and after all the presentations, the patients shared so much encouragement and gratitude that it honestly moved me deeply. I had many concerns when deciding to pursue a master’s in medicinal chemistry, choose chemical biology for my PhD, and pick labs, but one thing has always remained constant. I wanted to become someone who can contribute to developing drugs that help people. Right now, rather than working 100% on drug development, it feels more like I am developing new methodologies to study the functions of proteins that are not well understood yet. Still, I want to do my research with the belief that this can eventually contribute, in a completely different way, to developing therapies that truly help.

Saturday, February 21

운동가고, 도서관 가고…. 평화로운 토요일. 이번에 논문을 많이 읽으면서 느낀 게, AI를 좀 적극적으로 사용해야겠다는 것. 내 분야의 특성일 수도 있겠지만, protein design은 정말 하루가 멀다고 논문이 쏟아져 나오는데 이걸 하나하나 정성스럽게 읽자니 시간이 도저히 나질 않고, 어떤 논문은 쉽게 이해가 되지만 어떤 건 진짜 몇 시간이 넘게 걸리는 경우가 허다하다. 그리고 (어떻게 보면 지금 깨달은 게 웃기긴 한데), 이렇게 읽어도 다시 찾아보는 게 아니면 엄청나게 까먹는다.

Worked out, went to the library, a peaceful Saturday. One thing I realized while reading a lot of papers this time is that I need to use AI more actively. Maybe it is the nature of my field, but papers in protein design come out nonstop, and if I try to read each one carefully, I just do not have the time. Some papers are easy to understand, but plenty take hours and hours. And it is kind of funny that I am only realizing this now, but even after reading, I forget an enormous amount unless I go back and review.

지금 서지 관리 프로그램에 200개가 넘는 논문이 있는데, 뭐가 있는지 사실 명확하게 파악하고 있지 못한다. 그래서 든 생각은, 아니 이럴거면 그냥 핵심만 딱딱 뽑아서 최대한 양치기를 하고, 정말 샅샅이 파고들어야 하는 것들만 따로 충분한 시간을 들이는 것으로 해야 이 밀려드는 논문 속에서 정신을 차리고 흐름을 잡을 수 있지 않겠느냐는 것. 그래서 최소한의 text로 최대한의 정보를 얻어갈 수 있되, 나중에 체계적인 기준으로 정리된 Zotero – Obsidian database에서 빠르게 다시 볼 수 있도록 하려고 한다. 이 기준하에 열심히 prompt를 최적화하고 있는데 다음 주부터는 본격적으로 양치기를 하면서 여기서도 바로바로 공유할 수 있게 하겠다. 나뿐만 아니라 비슷한 분야를 공부하는 분들도 도움이 되었으면 하는 바람.

I have over 200 papers in my reference manager now, but I do not actually have a clear grasp of what is in there. So I thought, if that is the case, wouldn’t it be better to extract only the key points, read as broadly as possible, and then spend real time only on the ones I truly need to dig into deeply, so I can stay afloat in this flood of papers and actually track the bigger picture? So I am going to try to get the maximum information from the minimum text, while also organizing things so I can quickly revisit them later in a Zotero to Obsidian database with systematic criteria. I am working hard on optimizing my prompts under this framework, and starting next week I will properly begin reading broadly and sharing things here in real time too. I hope it helps not just me, but also others studying similar fields.

아 그리고 오늘 새로운 버거집을 시도해 봤는데 꽤 괜찮았다. 근데 내가 음식마다 느낄 수 있는? 맛의 한계치가 있는 사람인 것 같은데, 버거는 아무리 맛있어도 4/5인 느낌. 그래서 여긴 (The Melt, 455 Market St at First, Suite #140, San Francisco, CA 94105) 꽤 괜찮았으나 3점을 준다…!

Oh, and today I tried a new burger place and it was pretty good. But I think I am the kind of person who has a ceiling for how good something can taste. Like, no matter how good a burger is, it still feels like a four out of five at best. So this place (The Melt, 455 Market St at First, Suite 140, San Francisco, CA 94105) was pretty good, but I am giving it a three!