What I want to do is…?

Sunday, October 4

오늘도 운동부터! 종빈이랑 3종세트를 끝내고. 밖에서 여유롭게 샌드위치도 먹고 푹 쉬었다. 이번주 요리는 간장소스 베이스에 양배추를 듬뿍 얹은 우삼겹 메밀면을 만들어 먹었다 (엄청 간단한데 지금까지 해먹은 것 중에 가장 맛있을지도..?!). 요즘은 주말할 것 없이 계속 일을 하고 있다. 학교 HPC의 CPU랑 외부에서 빌린 GPU를 같이 활용하는 아이디어를 구현중인데, 그냥 계산만 옮겨서 돌리면 될 것 같았던 게 생각보다 복잡하다. 예상보다 속도가 안 나와서 어디서 기다리는 시간이 생기는지 계속 확인했다. 입력 구조 하나만 주면 다음 단계까지 알아서 잘 돌아가게 만들고 싶은데, 그 간단한 사용법을 만드는 과정이 정말 정말… 생각보다 참 간단하지 않다 ㅋㅋ..

Starting with exercise again! Finished our three-part workout with Jongbin, then enjoyed a sandwich outside and took a good rest. This week’s cooking was beef belly soba with a soy sauce base and a generous pile of cabbage (so simple, but possibly the best thing we’ve made so far..?!). These days I keep working even on weekends. I’m implementing an idea that combines our university HPC’s CPUs with externally rented GPUs, but something that seemed like it would just involve moving the computation over has turned out to be more complicated than expected. It hasn’t been as fast as I hoped, so I kept checking where the waiting happens. I want to be able to provide a single input structure and have everything run smoothly through the next stages, but making something that simple to use is really, really… much less simple than I expected haha..

Monday, October 5

이제는 아침에 gym을 갈 때 저렇게 아름다운 하늘이 종종 보인다! 오늘은 퇴근을 일찍하고 새로운 마음으로 집 정리를 쭉 했다. 최근에 아마존에서 산 스팀 청소기를 개시했는데 뭐 화장실, 주방, 마루까지 집안 구석구석을 청소하려니 3시간이 넘게 걸렸다. 매주 꼼꼼히 청소를 하면 좋겠지만 이것저것 할 게 많다고 생각하는 날에는 바닥청소하고 빨래하기 바쁘다고 느낀다. 딱 날 잡고 이렇게하니 기분도 참 좋은데 좀 자주하려 한다!

These days I sometimes get to see a sky that beautiful on my way to the gym in the morning! Today I left work early and gave the house a thorough clean for a fresh start. I tried out the steam cleaner I recently bought on Amazon, and cleaning every corner of the bathroom, kitchen, and floors took more than three hours. It would be nice to clean thoroughly every week, but on days when I feel like I have a lot to do, just cleaning the floors and doing laundry feels like enough to keep me busy. Setting aside a day to do it properly feels really good, so I’d like to do it more often!

Tuesday, October 6

새로운 마음, 새로운 건강한 삶! ㅎㅎ 오늘은 아침 루틴, 식단, 운동을 하나하나 다시 정리했다. 밤 아홉 시 반에 눕고 아침 다섯 시 사십오 분에 일어나는 걸 기준으로 잡고, 일어나서 운동하러 나가기까지의 순서도 다시 한 번 쭉 적어봤다. 요즘 좀 벅차다고 느꼈던게 하고 싶은 운동을 다 넣으니 양이 너무 많아져서 그런 것 같다. 등과 가슴을 한 번에 몰아서 하면 끝까지 하기가 너무 힘들어서 나눠서 하는 쪽으로 바꿔봤고, 어깨랑 팔도 너무 욕심부리지 않고 하기로 했다. 하체는 지금이 딱 좋다 ㅎㅎ CoreHPC는 이틀 동안 점검하면서 scratch를 정리한다고 해서, 계산 작업을 잠시 멈추고 데이터를 백업하고 있었다. 한참 workflow를 최적화하던 중이라 아직 남은 문제가 뭔지도 다시 짚어봤다. 또 오늘 논문을 읽고 Obsidian에 기록한 다음 공개할 부분만 블로그 초안으로 올리는 workflow도 만들었다. 단순히 논문을 요약하는 것보다 지금 하는 여러 프로젝트와 어떻게 연결되는지까지 같이 생각해보는 방식으로! 조금 더 부담 없이 많은 논문을 읽게될거라 기대한다.

A fresh mindset, a new healthy life! Haha. Today I went through my morning routine, diet, and exercise one by one. I used going to bed at 9:30 p.m. and getting up at 5:45 a.m. as a starting point, then wrote out the whole sequence from waking up to leaving for the gym once again. I think I’ve been feeling a little overwhelmed lately because I put in too much exercise, trying to do everything I wanted. Doing back and chest together was too hard to get through, so I tried splitting them up, and decided not to get too ambitious with shoulders and arms either. The leg routine is just right as it is haha. CoreHPC was going to clean up scratch during two days of maintenance, so I paused the computations and was backing up the data. I’d been in the middle of optimizing the workflow, so I also took another look at what problems remained. Today I also made a workflow for reading papers, recording them in Obsidian, and uploading only the public portions as blog drafts. Rather than simply summarizing a paper, it also considers how it connects to the different projects I’m working on! I hope this will make it easier to read more papers without feeling so much pressure.

Wednesday, October 7

이제 해가 많이 늦게떠서 그런가… 암막커튼까지 있으니 요즘은 일어나면 몇 시인지 가늠이 안된다. 오늘은 연구실에서 내가 생각할 수 있는, 적어도 1년은 쓸 모든 buffer들을 준비했다(뭔가 밀프렙한것같은 뿌듯함). 다음번에는 필요한 만큼, 쓰기 편한 농도로 만들 수 있게 레시피도 다시 정리했다. 오후에는 Bill’s lab group meeting을 다녀오고 하루를 잘 마무리했다. 또 아산장학재단에서 2027년 의생명과학분야 대학원 장학생 선발 안내가 며칠전 나와서, 지원해보고자 이것저것 서류를 준비했다!

Maybe it’s because the sun rises so much later now… With blackout curtains too, these days I can’t tell what time it is when I wake up. Today in the lab I prepared every buffer I could think of, enough for at least a year (somehow it felt as satisfying as meal prepping). I also reorganized the recipes so that next time I can make the amounts I need at convenient concentrations. In the afternoon I went to Bill’s lab group meeting and wrapped up the day well. The Asan Foundation had also announced its 2027 graduate scholarships in biomedical sciences a few days ago, so I prepared various documents to apply!

Thursday, October 8

드디어 고생고생하던 셋업이 잘 돼서 protein purification을 진행했다! Superloop에 시료를 넣고 장비가 알아서 inject를 해주는데 아.. 참 좋다. 물론 여기까지 오는 게 마냥 순탄하진 않았는데, 시료가 AKTA에서 어디부터 어디로 어떻게 흐르는지 구조 전체를 이해하면서 문제를 하나씩 해결해나가니 다행히 잘 됐다. Peak도 깔끔하고. 왜 진작 이렇게 할 생각을 못했을까. 저녁에는 이번주 토요일에 만들 마차 티라미수 레시피를 좀 찾아보고, 종빈이랑 코스트코에 다녀왔다. 거의 뭐 이제 둘은 기계적으로 장을 봐서 30분안에 후딱 보고 나온다.

The setup I’d struggled with so much finally worked, and I got to do protein purification! I put the sample in the Superloop and the instrument injects it automatically. Ah.. it’s so nice. Getting here wasn’t exactly smooth, but understanding the entire AKTA flow path, where the sample goes and how it gets there, helped me solve the problems one by one, and thankfully it worked. The peaks are clean too. Why didn’t I think of doing it this way sooner? In the evening I looked up some recipes for the matcha tiramisu we’re making this Saturday, then went to Costco with Jongbin. By now the two of us practically shop on autopilot and get through it in under 30 minutes.

Friday, October 9

단백질 정제는 아주 깔끔하게 잘 되고 있고, 오늘은 아침에 gym에서 매일 보는 Rodrigo랑 점심을 먹으러 갔다(둘이서 먹는건 처음인 것 같다). Street Taco (980 16th St, San Francisco, CA 94107)라는 학교 근처에 있는 멕시칸 타코집인데, 매주 금요일마다 자기는 여길 온다고한다. 사실 나는 이 친구가 운동을 매일 꾸준히 하는것도 있지만 일을 열심히 한다고 생각해서(work ethic이 좋다) 존중하고 있다. 이후에 커피까지 마시면서 음.. 오랜만에 영어로 깊은 대화를 했는데, 대부분이 우리들이 겪어온 연구실 환경, 만약 본인이 PI가 된다면 어떤 연구실의 모습을 그리며 운영하고 싶은지, 의미있는 과학이란 무엇이라고 생각하는지 등.. 보통 같이 하는 프로젝트에 대해서만 얘기를 많이 했는데 또 이렇게 얘기하니 새로웠다. 우리의 결론은, 우리가 생각하는 이상이 너무나 아득히 높고, 다른 사람에 대한 기대를 계속 내려놓아야 한다는 것. 물론 이해관계가 얽히면 뭐 그게 마음처럼 되겠냐마는.. 그래서 난 또 요즘 스타트업에 마음 잘 맞는 사람 5명 이내로 뭔가 최선을 다하는 경험을 또 해보고 싶기도 하다. 나도 내가 뭘 하게될지 아직 정말 모르겠다.

The protein purification has been going very smoothly, and today I went to lunch with Rodrigo, whom I see at the gym every morning (I think this was our first time eating together, just the two of us). We went to Street Taco, a Mexican taco place near campus, and he said he comes here every Friday. I respect him not only because he exercises consistently every day, but also because I think he works hard (he has a good work ethic). We had coffee afterward too, and, well.. it had been a while since I’d had such an in-depth conversation in English. We mostly talked about the lab environments we’ve experienced, what kind of labs we’d envision and want to run if we became PIs, and what we think meaningful science is, things like that.. Usually we mostly talk about the project we work on together, so talking this way felt new. Our conclusion was that our ideals are incredibly high, and that we need to keep lowering our expectations of other people. Of course, when interests are involved, it’s hardly going to be that easy.. So lately I’ve also been wanting to try giving something my all at a startup with a small group of no more than five like-minded people. I really still don’t know what I’ll end up doing.

Saturday, October 10

잠깐 연구실에 나가서 최종 정제과정까지 마무리했고, LC-MS도, SDS-PAGE도 깨끗하게 잘 됐다! An과 하는 프로젝트는 꽤나 잘 진행되고 있고, 내가 in vitro로 검증할 수 있는 부분을 위해 genes을 주문했다. 다른 여러 프로젝트는 지금 좀 난항중인게 내가 생각했던 아이디어들이 번번히 잘 안되고 있다. 이제는 많이 겪었다고 생각했는데도 잘 털어내고 다음걸 적극적으로 생각하는게 때로는 확실히 힘들다고 느낄때가 있다. 그래도 내 의지가 남아있고, 이 문제가 중요하다는 것이 바뀌지 않는 한 난 계속 두드려보려한다. 퇴근을 후딱하고, 이번주는 여자친구와 녹차 티라미수를 만들었는데, 아니 냉장고에 4시간 이상, 하룻밤까지 둬야한다고 해서 결국 만들고 각자 저녁까지 만들어 먹었다 ㅎㅎ Weee!에서 시킨 엄지네 꼬막비빔밥. 역시 한국에서 직접가서먹는 느낌은 안나지만 도대체 얼마만에 먹는 꼬막인지 맛있게 잘 먹었다.

I stopped by the lab, finished the final purification step, and both LC-MS and SDS-PAGE came out nice and clean! The project with An is going quite well, and I ordered genes for the part I can validate in vitro. Several other projects have been a bit of a struggle lately, with the ideas I had repeatedly not working out. Even though I thought I’d been through this plenty of times by now, sometimes I still find it hard to shake it off and actively think about the next thing to try. Still, as long as I have the will and the importance of this problem hasn’t changed, I’ll keep knocking on that door. I headed home quickly, and this week my girlfriend and I made matcha tiramisu. But apparently it needs to sit in the fridge for at least four hours, or even overnight, so after making it we ended up each making ourselves dinner too haha. Eomjine cockle bibimbap ordered from Weee! It wasn’t quite the same as going there and eating it in Korea, of course, but I couldn’t remember the last time I’d had cockles, and I really enjoyed it.