Just Keep Going🏃🏻

Sunday, October 11

오늘도 종빈이랑 운동부터! 조금 일찍 가서 웨이트를 따로 하고 수영, 로잉에 러닝까지 야무지게 마쳤다. 러닝은 3마일 정도를 뛰었는데, 끝나고 바로 옆 Breadbelly B12 (1070 Maryland St, San Francisco, CA 94107)에도 잠깐 들러봤다. 좀 쉬다가 드디어 어제 만들어서 냉장고에 넣어둔 녹차 티라미수도 꺼내서 같이 먹었는데 오! 맛있었다. 워낙 티라미수를 좋아해서 그런가.. 사실 마차맛은 막 강하게 나지는 않았다. 후딱 먹고 부랴부랴 실험실로 가서 못다한 실험을 마무리했다. 또 Binder design competition 에 제출할 refinement된 후보 몇개도 추가 예측 결과를 비교해서 추리고, 구조와 서열, 선정 이유를 한 번에 볼 수 있도록 자료를 정리했다. 점수 하나가 좋아 보이는 것과 여러 다양한 방법으로 봤을 때도 괜찮은 건 또 달라서, 끝까지 확인할 게 계속 생긴다…!

Another workout with Jongbin to start the day! I got there a little early to lift weights on my own, then got through swimming, rowing, and running too. We ran about three miles and briefly stopped by Breadbelly right next door afterward. After resting a bit, we finally took out the matcha tiramisu we had made yesterday and left in the fridge, and ate it together. Oh! It was good. Maybe it’s because I love tiramisu so much.. The matcha flavor wasn’t particularly strong, though. I finished eating and hurried to the lab to wrap up the experiments I hadn’t finished. I also compared additional prediction results to narrow down a few refined candidates for the binder design competition, then organized the structures, sequences, and reasons for selecting them so they could all be reviewed together. Looking good by one score and holding up across several different methods are two different things, so there are always more things to check right up to the end…!

Monday, October 12

사실 오늘이 공휴일이라는 얘기도 있었는데(좀 헷갈리는데) UCSF는 해당이 없었다 ㅋㅋ. 쉬는 날은 커녕 미팅 세 개가 있는 바쁜 월요일! 그룹미팅, subgroup 미팅에 오랜만에 Kevan과의 미팅까지 있어서 꽉 찼다. Kevan과 미팅은 아주 잘 끝났고, 추천서도 이번주 안에 잘 받기로 했다. 여러가지 방향이 정해져서 미팅을 잘 마치고 요약을 교수님께 보내드리고 나니 퇴근할 시간이 꽤 늦어졌다. An과 하는 프로젝트에서는 새로운 cell 결과도 받아서, 기존에 나온 다른 tag들과 비교했을 때 우리 시스템의 강점이 뭔지 다시 고민했다. 잘 되는 후보가 있다는 것에서 한 걸음 더 나아가서, 어떤 차이를 보여줘야 좋은 이야기가 될지 생각하는 중!

Apparently today was a public holiday (I’m a little confused about that), but it didn’t apply to UCSF haha. Far from having a day off, it was a busy Monday with three meetings! There was a group meeting, a subgroup meeting, and my first meeting with Kevan in a while, so the day was packed. The meeting with Kevan went really well, and we also agreed that I’d receive the recommendation letter this week. We settled on several directions, and by the time I’d finished the meetings and sent my professor a summary, it was already pretty late to head home. For my project with An, we also received new cell results and thought again about what makes our system stand out compared with the other tags already out there. I’m thinking about how to go beyond simply having a candidate that works and show the differences that would make a good story!

Tuesday, October 13

오늘 An과 함께 커피를 마시며 이것저것 프로젝트의 방향성을 논의했다. 이제는 split 디자인을 하는데 두 부분 중 작은 쪽이 짧으면 좋겠지만, 그냥 짧게 자른다고 되는 게 아니라 다시 합쳐졌을 때 원래 구조와 기능을 얼마나 되찾을 수 있을지가 중요해서 어디서 자를지부터 고민할 게 많다. 다른 논문에서 어떤 방식으로 했는지도 찾아보고, 여러 예측 방법으로 비교할 후보들을 정리했다. 내 Thesis 관련해서는 정제한 단백질의 nucleotide를 바꾸고, 실제로 잘 바뀌었는지 확인한 뒤 LC-MS 실험으로 넘어갈 순서를 정리했다. 단백질을 너무 많이 쓰지 않으면서 확인할 건 제대로 확인하려니 참 꼼꼼하게 볼 게 많다. 오늘은 컨디션이 썩 좋진 않았는데 아마 전날 잠을 잘 못 자서 그런 것 같아 집안일을 마무리하고 일찍 자보려고 했다. 아이디어가 많을때는 밤 늦게까지 뭔가 하나라도 더 던져보고 자고싶은경우가 많은데 어차피 잠을 계속 깎아가면서 하면 오래 못가는걸 알면서도 쉽지가 않다.

Today I had coffee with An and talked through various directions for our project. We’re now working on a split design, and while it would be nice for the smaller of the two parts to be short, simply cutting it down isn’t enough. What matters is how well the original structure and function can be recovered when the parts come back together, so there’s a lot to consider, starting with where to split it. I looked into how other papers had approached this and organized candidates to compare using several prediction methods. For my thesis, I worked out the sequence of steps for exchanging the nucleotide in the purified protein, checking that the exchange had actually worked, and then moving on to the LC-MS experiment. There really is a lot to check carefully when trying to verify everything properly without using too much protein. I wasn’t feeling that great today, probably because I hadn’t slept well the night before, so I finished the housework and tried to get to bed early. When I have lots of ideas, I often want to stay up late and try just one more thing before going to sleep. Even though I know I can’t keep going for long if I keep cutting back on sleep, it’s not easy.

Wednesday, October 14

다행히 잠을 좀 잤더니 컨디션이 좋다! 오늘은 오후 그룹미팅 말고는 계속 연구실에서 일했는데, 미팅 끝나고 잠깐 Bill이 새로운 연구 방향성을 제시해줬는데 아주 어려워 보이지만 흥미롭긴 했다. 아마 지금 프로젝트의 일부분이 마무리된 이후에야 시작할 수 있을 것 같은데 흠… 또 새롭게 시작하려는 binder 연구 방향에 대해 Kevan이 추천한 small molecule을 소개해드렸는데, 다행히 마음에 들어하시고 나중에 실제 암 생물학 쪽에서 테스트하려면 누구와 공동연구를 하면 좋을지도 이야기가 나왔다. 어떤 시스템에서 의미 있는 걸 보여줄 수 있을지 Kevan의 의견도 구해보려 한다.

Thankfully, I felt better after getting some sleep! Other than the afternoon group meeting, I spent the day working in the lab. After the meeting, Bill briefly suggested a new research direction that looked very difficult but did sound interesting. I probably won’t be able to start it until part of my current project is wrapped up, though. Hmm… I also showed him the small molecule Kevan had recommended for the binder research direction I’m hoping to start. Thankfully, he liked it, and we talked about who might be good to collaborate with when it comes time to test it in an actual cancer biology setting. I’m going to ask Kevan for his thoughts on which system would let us demonstrate something meaningful.

Thursday, October 15

오늘은 정말 정말…길었다. 아침 Bo, An과 미팅에서는 논문에 대한 큰 그림을 논의했는데, 이제 정말 확실하게 잡은 느낌이 들었다. 앞으로는 얼마나 걸릴지 모르겠지만 여러모로 기대가 된다. 오늘은 nucleotide loading QC최적화하느라 생각보다 시간이 많이 걸려서 밤 아홉 시가 넘어서야 연구실을 나왔다. 조금 속상한 것은 지금까지 이걸 왜 발견하지 못했지? 할정도로 단순하고 멍청한 실수를 했다. 예측한 단백질 구조 안에서 small molecule의 stereochemistry가 제대로 유지되지 않은 경우가 있었던 것. 몇 디자인을 살펴봤을때는 괜찮아서 잠정적으로 맞다고 가정했던 것 같다. 으으 이건 점수가 좋다고 넘어갈 수 있는 문제가 아니라서.. 일단 이런 실수는 다시 하지 않도록 여러 장치를 만들고있긴 한데. 좀 더 정신차려야할 듯😭

Today was really, really…long. In the morning meeting with Bo and An, we discussed the big picture for the paper, and I felt like we’d finally pinned it down clearly. I don’t know how long it will take from here, but I’m looking forward to it in many ways. Optimizing the nucleotide loading QC took longer than expected today, so I didn’t leave the lab until after nine at night. What was a little upsetting was that I’d made such a simple, stupid mistake that I couldn’t help wondering why I hadn’t noticed it before. There were cases where the small molecule’s stereochemistry hadn’t been preserved properly in the predicted protein structures. It looked fine in the few designs I’d checked, so I think I’d provisionally assumed it was correct. Ugh, this isn’t something I can overlook just because the scores are good.. I’m putting several safeguards in place so I don’t make this mistake again. I need to get my head in the game a bit more😭

Friday, October 16

오늘도 실험과 미팅으로 꽉찬 하루. Design competition에 새로운 target인 GLP-1 agonist 디자인에 대해서 얘기를 좀 했는데 와.. 도대체 어떻게 agonist를 “논리적으로” 만들 수 있을지 감이 잡히지가 않는다. 다른 사람들도 여럿 생각을 했는데 딱히 묘수가 없다고 하니.. 사실 이게 되면 말도 안되는 일이긴 할거다. 퇴근하고 밤에는 Bill’s lab의 postdoc 지원자와 Zoom 미팅을 하게되었는데, 그 분이 사정상 다른 연구실과 joint를 해야하는 상황이라 비록 대학원생이지만 비슷한 상황의 나에게 연락을 하셨었다. 최대한 궁금한 것에 대해 답변을 해드리긴 했는데, 상황이 나와 썩 같지는 않은 것 같아서 순조롭게 그런 행정적인 것들이 잘 해결될지는 모르겠다. 이스라엘에 계시는데 부디 잘 마무리하시고 별탈없이 오시길 바란다.

Another day packed with experiments and meetings. We talked about designing a GLP-1 agonist as a new target for the design competition, and wow.. I have no idea how one could design an agonist “logically.” Other people had thought about it too, but apparently no one had a clever solution.. Honestly, if this worked, it really would be unbelievable. After getting home, I had a Zoom meeting that night with someone applying for a postdoc in Bill’s lab. Because of their circumstances, they need a joint arrangement with another lab, and they had contacted me because I’m in a similar situation, even though I’m a graduate student. I did my best to answer their questions, but their situation doesn’t seem all that similar to mine, so I’m not sure whether those administrative matters will be sorted out smoothly. They’re in Israel, and I hope they can wrap everything up and get here without any trouble.

Saturday, October 17

일을 조금 하다가 아침 러닝을 다녀왔다. 와 날씨가 진짜 좋긴했는데.. 고작 30분 뛰는게 이제 왜이렇게 힘들게 느껴지는지 ㅋㅋ.. 주중에 한번은 더 뛰어야겠다. 후딱 준비해서 연구실에 나가서 간단하게 실험을 마무리했는데 다행히 생각하던 결과가 나왔다. 좀 마음 편하게 바로 퇴근하고, 집에서는 한참을 이번주에 시작하기로 했던 프로젝트를 어떤 방식으로 접근해야 할지 계획을 짰다. 역시 모든 연구는 겉에서 멀찍이 바라볼때보다 실질적으로 하게되었을때 생각보다 고려할게 참 많다는 걸 알게된다. 이번에도 마찬가지 ㅎㅎ 그래도 이 연구가 잘 되면 내가 했던 노력들을 좀 묶어서 정리할 수 있을 것 같아서 기대가 된다.

I did a little work and went for a morning run. Wow, the weather really was nice.. Why does running for just 30 minutes feel so hard now? Haha.. I should run at least once more during the week. I got ready quickly and went to the lab to finish up a simple experiment, and thankfully I got the result I was expecting. With that off my mind, I headed home right away, then spent quite a while planning how to approach the project I’d decided to start this week. Research always seems to involve more things to consider once you actually get into it than when you’re looking at it from a distance. This time is no exception haha. Still, I’m excited because, if this research goes well, I think it’ll let me bring together and organize some of the work I’ve put in so far.