Milestones and Momentum

Monday, June 15

사실 지난 주말 동안 두 가지 좋은 소식이 있었다. 첫째, 드디어 PhD candidate가 된 것! 둘째, 드디어 내 첫 번째 1저자 논문이 정식으로 publish된 것. 논문은 곧 따로 포스팅을 하겠지만, 내 첫 1저자 논문이라니 정말 뿌듯하다. 앞으로 스스로 더 만족할 만한 paper를 낼 수 있도록 노력하겠다! 연구도 순조롭게 잘 되어가고 있다. 적어도 하루에 의미 있는 결론을 하나씩은 도출 중이다(믿는다). 그게 negative한 결과일 수도 있지만 다음 방향을 잡아주는.. 오후에는 Oleks를 만나 주말 camping에 썼던 gear를 반납하러 Parnassus로 갔는데, 내가 Uber를 잘못 불러서 UCSF가 아닌 UCF에 들리는 해프닝이 있었다 ㅋㅋㅋ Parnassus의 gym은 Golden Gate Park가 한눈에 보이는 유산소존이 있었는데 좀 부럽긴 했지만, 미션베이가 날씨는 더 좋으니 아주 배 아프지는 않았다 ㅎㅎ.

Over the weekend, there were two pieces of good news. First, I finally became a PhD candidate! Second, my first first-author paper was officially published. I will write a separate post about the paper soon, but I am really proud that this is my first first-author paper. I will keep working hard so that I can publish papers that I am even more satisfied with in the future! Research is also going smoothly. At least, I am drawing one meaningful conclusion each day. It might be a negative result, but still, it helps guide the next direction.. In the afternoon, I met Oleks and went to Parnassus to return the gear we used for camping, but I accidentally called an Uber to UCF instead of UCSF, which became a little incident ㅋㅋㅋ The Parnassus gym had a cardio area with a full view of Golden Gate Park, which made me a bit jealous, but the weather is better in Mission Bay, so I was not too jealous.

Tuesday, June 16

Maggie와 저번 joint meeting에서 결정된 방향성에 대해 논의했다. 특히 얻고자 하는 것이 좀 겹칠 수 있는 한 방향에 대해서 logistics를 얘기했는데 다행히 잘 이해해줬고, 지금 이미 시도하고 있는 방법론이 잘 working하지 않을 때만 orthogonal한 방법으로 시도해보기로 결정했다! 또 드디어 추가적인 validation step이 끝나서 side project로 하고 있던 cyclic peptide design이 일단락되었고, 최종 열한 개의 candidate에 대한 quote request를 보냈다. 이걸 내가 직접 합성해야 했다면 어땠을지 참.. 사실 조금 끔찍한데, 다행히도 하나가 1K가 넘어가는 적지 않은 가격에도 교수님들이 전폭적으로 지지해주셔서 그냥 CRO에게 합성을 위탁하기로 했다. 다시 한 번 지도교수님을 잘 만난 것에 감사할 뿐이다.

I had a meeting with Maggie and discussed the direction that was decided at the last joint meeting. In particular, we talked about the logistics for one direction where the thing we want to achieve may overlap a bit. Thankfully, she understood it well, and we decided that I would only try it as an orthogonal method if the approach already being tested does not work well! The additional validation step has finally finished, so the cyclic peptide design side project has reached a first stopping point, and I sent a quote request for the final eleven candidates. If I had to synthesize these myself, wow.. honestly, that would have been a little terrifying. Thankfully, even though each design costs more than 1K, which is not cheap, my professors fully supported it, so we decided to outsource the synthesis to a CRO. Once again, I am just grateful that I met such good advisors.

Thesis project로 Lambda에서 GPU 대여를 한 이후에는 솔직히 돈을 좀 쏟아붓고 있어서 금방금방 결과를 얻고 있다. 이게 정확히 working하는지는 직접 실험을 해봐야겠지만, 일단 할 수 있는 선에서는 design을 마친 것 같다. 곧 최종 candidates를 뽑아 실험에 들어갈 예정! 또 마지막으로 visa 인터뷰 예약을 위한 Nonimmigrant Visa Application (DS-160) 까지 잘 마쳤다. 아마 12월에 한국에 들어갈 것 같은데, 인터뷰가 아직 열리진 않았다! 또 반년 뒤면 가족들과 친구들을 본다니 괜히 설레는 마음으로 하루를 마무리했다.

Since renting GPUs on Lambda for my thesis project, I have honestly been pouring in some money, so I am getting results quickly. Whether this actually works will need to be tested experimentally, but at least within what I can do computationally, I think I have finished the design. Soon, I will select the final candidates and move into experiments! Today, I also completed the Nonimmigrant Visa Application (DS-160) for scheduling my visa interview. I will probably go to Korea in December, but the interview slots haven’t opened yet! Thinking that I will see my family and friends again in about half a year made me a bit excited.

Wednesday, June 17

Kevan이 아침에 모두에게 coffee를 사주겠다고 해서 블루보틀에 갔다. 누군가는 큰 노력은 아니라고 할 수 있지만, 언제나 따뜻하게 안부를 물어봐주는 게 난 절대 쉽지 않은 거라 생각한다! 커피를 여유롭게 마시며 Chase 앞에서 다 같이 축구도 봤다. 딱 10분 남짓 있었던 것 같은데 마침 골 장면을 봤다😆 오후에 드디어 cyclic peptide에 대한 quote가 왔는데 무려 10K가 넘었지만, 흔쾌히 주문하라고 해주셔서 주문을 넣었다~ 결제가 된 후 합성을 시작한다고 하고, 그 시점으로부터 3-4주 정도 걸린다고 하니 한 달 정도면 받아볼 수 있지 않을까 기대한다. 다음 주 수요일에 Shokat Lab에서 발표가 있어서 이것도 준비하면서, 짧지만 지금까지 new thesis에 대해 했었던 노력들을 차근차근 정리하기 시작했다. 저녁에는 종빈, 윤서 누나랑 Cocobang (550 Taylor St, San Francisco, CA 94102) 이라는 한식당에 갔는데 생각보다 훨씬 괜찮았다! 웨이팅이 좀 길긴 했는데 다시 가고 싶을 마음이 들 정도로..! 치킨, 보쌈, 된장찌개를 시켰는데, 치킨과 보쌈이 참 좋아서 다시 갈 예정이다. 여기 추천👍

Kevan said he would buy the lab members coffee in the morning, so we went to Blue Bottle. Some people might say it is not a big effort, but I think consistently checking in warmly is absolutely not easy! We drank coffee leisurely and watched soccer together in front of Chase. I think we were only there for about 10 minutes, but we happened to see a goal, amazing! In the afternoon, the quote for the cyclic peptides finally arrived, and it was over 10K. Still, they happily told me to place the order, so I submitted it~ They said synthesis will start after payment, and from that point it will take about 3-4 weeks, so I hope we can receive the designs in about a month. I have a presentation in the Shokat Lab next Wednesday, so while preparing for that, I also started organizing the efforts I have made so far for the new thesis step by step. In the evening, I went with Jongbin and Yoonseo to a Korean restaurant called Cocobang, and it was much better than I expected! The wait was a bit long, but it was good enough that I would want to go again..! We ordered chicken, 보쌈, and 된장찌개, and the chicken and 보쌈 were really good, so I plan to go back. Recommended👍

Thursday, June 18

오전에 Caltech에서 PhD를 곧 마치는 (전합성, methodology background) 박사과정생이 postdoc interview를 왔다. 세미나가 굉장히 정갈하고 구조가 잘 짜여져 있달까? 흥미롭게 들었다. 오늘은 일을 많이 하지는 않았는데, 오후에 캘리포니아 운전면허 필기시험이 있었기 때문! 다행히 GPT한테 물어봐서 한 시간 반 정도 딱 집중해서 공부하고 봤는데 무사히 잘 통과했다 ㅎㅎ 역시 자격증 시험은 가성비가 최고… Real ID도 만들고 싶었는데 서류를 하나 못 가져가서 결국 만들지는 못했고, 어차피 1년 내에 실기까지 통과하면 운전면허가 나오고 그걸 신분증으로 쓸 수 있으니 다시 시도하지는 않을 것 같다. 아 그리고 아쉽게도 멕시코에게 져서 (이기는 게 사실 어렵긴 했다) 다음 남아공전에 명운이 달리게 되었다 으으… 저녁에는 트조에 들러서 납작복숭아를 드디어 사봤는데 흠.. 예전에 사람들이 호들갑을 떨었던 것만큼 맛있거나 그러진 않다. 난 그냥 딱복이 더 나은 듯.

In the morning, a PhD student from Caltech who is about to finish, with a total synthesis and methodology background, came for a postdoc interview. The seminar felt very polished and well structured, so I listened with interest. I did not work too much today because I had the California driver’s license written test in the afternoon! Thankfully, I asked GPT, studied for about an hour and a half with full focus, and passed! Efficiency is everything for certification-type exams… I also wanted to get a Real ID, but I did not bring one of the required documents, so I could not get one in the end. Since I will get a driver’s license anyway if I pass the road test within a year, and I can use it as ID, I probably will not try to remake it. Oh, and unfortunately, we lost to Mexico. To be fair, winning was probably difficult, but now everything depends on the next match against South Africa, ugh… In the evening, I stopped by Trader Joe’s and finally bought flat peaches, but hmm.. They were not as delicious as people had hyped them up to be before. I think I just prefer crunchy peaches.

Friday, June 19

오늘은 Juneteenth라고 (officially Juneteenth National Independence Day), 미국의 federal holiday다. 그래서 gym도 여덟 시에 열어서 아침에 일 좀 하다가 늦게 다녀왔고, 점심으로는 The Butcher Shop by Niku Steakhouse (57 Division St, San Francisco, CA 94103) 에서 smash burger를 먹었다. 예전에 엄청 인기를 타고 지금도 주말 점심이 되면 은근 사람들이 줄을 서는데, 감튀도 맛있고 하긴 하지만 솔직히 나에게는 In-N-Out이 더 나은 것 같다 ㅋㅋ 공휴일이지만 Bill과 미팅은 예정대로 했고 (정말 체력이 대단하시다..), 잘 마친 후 오랜만에 5마일을 빠르게 뛰어봤다. 아주 힘들긴 했지만, 이렇게 빨리 뛴 건 처음이어서 굉장히 뿌듯했다!! 하프가 끝나면 러닝을 많이 안 할 거라고는 했지만, 그래도 계속 꾸준히는 할 거다. 여러 방면으로 정말 좋은 효과를 많이 얻고 있다. 더 긍정적이게 되고, 몸도 좋아지고, 어떻게 보면 일도 더 잘 되는 것 같다.

Today is Juneteenth (officially Juneteenth National Independence Day), a federal holiday in the U.S. Because of that, the gym also opened at 8, so I did some work in the morning and went a bit later. For lunch, I had a smash burger at The Butcher Shop by Niku Steakhouse. It was very popular before, and even now people still line up a bit for weekend lunch. The fries were good too, but honestly, for me, In-N-Out is better😂 Even though it was a holiday, my meeting with Bill went ahead as scheduled. After finishing it well, I tried running 5 miles fast for the first time in a while. It was very hard, but it was the fastest I had ever run, so I felt very proud!! I had said that I would not run a lot after the half marathon, but I will still keep doing it consistently. I am getting many positive effects from it in different ways. I feel more positive, my body is getting better, and in some ways, I think my work is going better too.

Saturday, June 20

운동을 다녀오고 점심쯤이 되어서 재팬타운 근처 Crostini & Java (899 Hyde St, San Francisco, CA 94109)로 향했다. 크루아상 샌드위치와 라떼를 주문했는데, 오..! 엄청 맛있었고 날도 좋아서인지 바람도 솔솔 불어 참 기분이 좋았다. 주말에 어딘가라도 꼭 가보는 게 그 당시에도 물론 그렇고, 이렇게 블로그를 쓰면서도 정말 좋다고 다시 느낀다. 재팬타운 근처로 오랜만에 간 이유는 바로 노래방!에 가기 위해서였는데, 미국에 온 뒤 한국식으로 되어 있는 노래방은 가보지 않아서 오늘 드디어 시도했다. 아쉽게도 노래방 기계가 한국 것이 아니어서 그런지 노래 찾는 데 좀 애를 먹었지만, 그래도 아주아주 재밌게 잘 놀다가 나왔다. 근처에 한인마트를 잠깐 구경하고 Heath Ceramics (2900 18th St, San Francisco, CA 94110)으로 향했는데, 여긴 부모님이 오셨을 때 Ferry Building의 market에서 아주 예쁘게 봐서 가보고 싶었던 곳이었다. 둘러보고 나니 역시 집을 꾸미는 일은 끝이 없는 일이라는 걸 다시 느꼈다 ㅎㅎ. 아쉽게도 예쁘긴 한데 너무 비싸..

After working out, around lunchtime, we headed to Crostini & Java near Japantown. We ordered a croissant sandwich and a latte, and wow, it was really good. Maybe because the weather was nice too, the gentle breeze made it feel especially pleasant. I feel again, both in the moment and while writing this blog, that it is really good to make sure I go somewhere on the weekend. The reason we went near Japantown for the first time in a while was karaoke! Since coming to the U.S., I had not been to a Korean-style karaoke place, so I finally tried it today. Unfortunately, maybe because the karaoke machine was not Korean, it was a bit difficult to find songs, but we still had a really, really fun time. After briefly looking around a nearby Korean market, we headed to Heath Ceramics. This was a place I had wanted to visit after seeing their beautiful items at the Ferry Building market when my parents were here. After looking around, I once again felt that decorating a home is truly endless ㅎㅎ Unfortunately, everything was beautiful but so expensive..

재밌게 구경하고 나니 예약 시간이 다 되어서 바로 옆에 있는 Tartine Manufactory (595 Alabama St, San Francisco, CA 94110)에 첫 손님으로 들어갔다. 알고 보니 저녁 시작 시간으로 예약을 했어서 좋은 자리도 얻을 수 있었다. 여기서 음식이 얼마나 좋았고 이런 걸 다 표현하기는 어렵다는 걸 알지만, 여기는 내가 SF에서 세 손가락 안에 꼽을 정도의 장소라 강력 강력 추천한다👍! 사진에는 없지만 무조건 먹어봐야 할 것은 막 구운 따뜻한 사워도우에 버터.. 그냥 이 기본적인 조합이 얼마나 끝장나는지를 새삼 깨달았다. 어떻게 빵에서 이렇게 고소한, 효모 특유의 향이 기분 좋게 날 수 있는지 계속 감탄하면서 먹었다. 여기는 당분간 다시 갈 거다. 강력 추천!!

After enjoying the visit, it was time for our reservation, so we went right next door and entered Tartine Manufactory, as the first guests. It turned out that I had made the reservation for the start of dinner service, so we got a good seat too. I know it is hard to fully express how good the food was here, but this place is easily in my top three in SF, so I strongly, strongly recommend it! It is not in the photos, but the thing you absolutely have to try is freshly baked warm sourdough with butter.. It made me realize again how incredible this basic combination can be. I kept eating while being amazed by how bread could have such a nutty and pleasant yeast aroma. I will definitely go back here soon. Highly recommended!!