Catching Up with Old Friends

Sunday, March 15

오늘도 종빈이랑 오전에 장거리를 뛰었다. 저번 주부터 일주일에 0.5마일씩 늘려나가고 있는데, 하… 이게 계속 이렇게 늘려갈 수 있을지 모르겠다. 날씨도 좋았는데 오늘은 유난히 더 힘들었던 느낌이다. 끝나고는 Gus’s Community Market (1101 4th St, San Francisco, CA 94158)에 들러서 먹을 걸 사러 갔는데, 다들 알겠지만 한참 땀을 흘리고 마시는 음료가 얼마나 달콤한지 ㅎㅎ 단점?이라면 집에 가서 씻고 밥 먹고 좀 있다 보면 잠깐이지만 낮잠을 자게 되는 것…이랑, 그만큼 밥을 더 잘 먹어야 하는데 생각보다 쉽지 않다는 거. 요즘 왜 장거리 육상선수들의 몸이 상당히 마를 수밖에 없는지 여실히 느끼는 중이다. 문득 수영선수들은 지구력뿐만 아니라 출력도 중요하니까 몸을 유지해야 할 텐데, 도대체 얼마나 많이 먹어야 하는 건지 상상이 안 된다. 여튼 눈을 좀 붙이고, 블로그를 좀 쓰고, 내일 미팅 준비랑 thesis 관련한 걸 좀 공부하고 하루를 잘 마쳤다.

I ran a long distance again this morning with Jongbin. Since last week, we’ve been increasing by 0.5 miles per week, but honestly, I’m not sure I can keep ramping it up like this😗 The weather was great, but it felt unusually hard today. Afterward, we stopped by Gus’s Community Market (1101 4th St, San Francisco, CA 94158) to grab something to drink and eat. As everyone knows, a cold drink after sweating a lot tastes unbelievably good. The downside is that once I get home, shower, eat, and sit for a bit, I end up taking a short nap. Also, I’m supposed to eat more to keep up, but that’s harder than it sounds. These days I really understand why long distance runners tend to get so lean. It also makes me wonder how swimmers maintain their bodies, because endurance matters, but power matters too. How much do they even eat? Anyway, I took a short nap, wrote a bit of my blog, studied thesis related things, and prepared for tomorrow’s meeting. I wrapped up the day well.

Monday, March 16

아침에는 이번 주에 Shokat lab에서 로테이션이 끝나는 1학년 친구의 발표를 재밌게 듣고, 바로 side project 관련해서 미팅을 했다. 아무래도 imaging이 굉장히 중요한 실험이라 Bo와 근시일 내에 미팅을 잡는 것으로 결론을 냈다. 오후에는 수요일에 있을 Bill, Kevan과의 미팅을 준비하면서 여러 논문을 읽고 생각한 대안들을 정리해봤다. 괜찮은 아이디어를 발견한 것 같은데, 어떻게 생각하실지 모르겠다!

In the morning, I attended a first-year student’s rotation talk in the Shokat lab, since her rotation ends this week. It was really interesting. Right after that, I had a meeting about a side project. Since imaging is a key part of the experiments, we decided to schedule a meeting with Bo soon. In the afternoon, I prepared for my upcoming meeting with Bill and Kevan on Wednesday. I read several papers and organized the alternative ideas I had been considering. I think I found a decent idea, but I’m not sure what they will think!

Tuesday, March 17

Maggie에게 check in을 받는 날! 새로운 아이디어와 더불어 두 개 정도 더(새로운 방향성) 공유했고, 다 좋아 보인다고 말해줬다. 다들 누군가와 얘기를 나누다 보면 느낌이 오겠지만, 이 사람이 이해가 되지 않았음에도 그냥 넘어가는지, 아니면 맥락을 찾으려고 노력하며 진지하게 듣는지는 어느 정도 판단할 수 있지 않은가? Maggie는 항상 능숙하고 supportive한 listener라 감사하다.
안 좋은 소식은 Bill이 알고 보니 내일 Kevan과 미팅이 있는 시간에 중국으로 가는 비행기 안에 있다는 걸 오늘 오전에 알았다는 것. 일정 조율에 착오가 있었다고 한다… 으으. 그래서 일단은 중국에 도착하시고 나서 여유가 생기자마자 잡아보기로 했는데, 두 분 다 워낙 바쁘다 보니 당장 볼 수 없을지도 모르겠다. 오전 journal club에서는 내 연구와는 전혀 관련이 없는 것 같긴 하지만, chromatin fatigue라는 재밌는 개념을 소개한 논문 발표가 있어서 재밌게 들었고, 새로운 proposal을 본격적으로 처음부터 다시 쓰기 시작했다. 이것도 변할 수 있어서 걱정인데, 일단은… 뭐라도 필요하다.

It was my check in day with Maggie🙂 I shared a new idea and two other possible directions, and she said they all looked good. When you talk with someone, you can usually tell whether they are actually trying to understand you or whether they just move on even if they don’t fully get it. Maggie is always a skilled and supportive listener, and I’m grateful for that. The bad news is that I found out this morning that Bill will be on a flight to China during tomorrow’s meeting with Kevan. Apparently, there was a scheduling mix-up. So we decided to try to reschedule as soon as he lands and has any free time, but both of them are so busy that we might not be able to meet right away. In the morning journal club, the paper wasn’t directly related to my work, but it introduced a cool concept called chromatin fatigue, so I enjoyed it. I also started writing a new proposal from scratch. I’m worried it might change again, but for now, I need something.

Wednesday, March 18

정신을 잘 부여잡고 잘 보낸 하루. 랩미팅 끝나고 같이 Shokat lab에 들어온 친구(Maria)의 thesis project에 관해 몇 주 전에 얘기를 나눴었는데, 그때 도움이 될 법한 분석을 시간 되면 해서 공유해주기로 했었고, 그걸 오전에 잘 마무리했다. 오후에는 정신이 없어 미뤄왔던 tax를 전부 싹 끝냈다. 어후, 작년에는 SSN이 나오지 않아서 굉장히 편했었는데 이번에는 state, federal return을 둘 다 상세하게 해야 해서 시간이 좀 걸렸다. UPS에서 부치려고 했더니 합쳐서 55불이 넘는다길래 USPS로 또 열심히 걸어가서… 잘 마무리했다. 날이 눈에 띄게 더 싱그러워져서 그나마 하늘 보면서 기분이 괜찮았달까.

I kept myself together and got through the day pretty well. After the lab meeting, I finished an analysis I had promised to share with Maria, who also joined the Shokat lab with me. We had talked a few weeks ago about her thesis project, and I said I would send something helpful when I had time, so I wrapped it up this morning. In the afternoon, I finally finished all the taxes I had been putting off. Last year was easy because I didn’t have an SSN yet, but this time I had to do both state and federal returns in detail, so it took a while. I tried to mail everything through UPS, but they quoted over $55 total(??), so I walked to USPS instead and finished it there. The weather has become noticeably fresher, and staring at the sky honestly helped my mood.

돌아와서는 proposal을 계속 썼고, 곧 로테이션이 끝난 친구의 farewell party가 있어서 얘기를 잘하다가(아 여기는 추천한다! Mission Rock Resort, 817 Terry A Francois Blvd, San Francisco, CA 94158; 특히 happy hour에 가면 Bay를 끼고 눈부신 날씨에서 합리적인 가격에 식사할 수 있다) 퇴근했다. 이번 주말에 약대 동기인 정서, 현욱이가 샌프란에 놀러오는데(요세미티도 같이 가기로 했다!) 맞춰서 식당을 예약했다. 타지에서 보면 무슨 느낌일지 ㅎㅎ 주말이 기대된다.

After that, I kept writing my proposal. I also went to a farewell party for a friend whose rotation is ending soon. The place was great. I especially recommend going during happy hour, because you can eat by the Bay with bright weather at a reasonable price! I also made restaurant reservations for this weekend because my pharmacy school friends, 정서 and 현욱, are visiting San Francisco, and we are also going to Yosemite together. I’m curious how SF will feel to them. I’m excited for the weekend.

Thursday, March 19

예전에 Ian(Bill DeGrado lab postdoc이자 내 rotation mentor였다, 엄청 성격 좋다 ㅎㅎ)의 연구를 도와 몇 주 정도 시간을 써서 de novo enzyme test를 위해 필요한 substrate synthesis를 했었는데, Ian이 test를 끝냈고 product들의 LC MS를 찍었다. MS에서 fly가 잘 안 되는 것 같아서(불안정할 수도 있겠다. N Boc group도 떨어지는 것처럼 비슷한 chemical moiety가 있다) 일단 다른 방법으로 characterization을 해야 할 것 같긴 한데 흠… 일단 Ian이 생각을 좀 더 해본다고 한다. 아마 가을 전에는 preprint가 나갈 것 같다.

A while ago, I helped Ian (a Bill DeGrado lab postdoc and my rotation mentor, and honestly a really great person) by synthesizing substrates needed to test a de novo enzyme. Ian finished the tests, so I ran LC MS on the products. Their signal in MS doesn’t seem stable, possibly because the molecule is labile. There may be a chemical moiety that behaves like an N Boc group and falls off. So we may need a different characterization method. Ian said he will think more about it. A preprint will probably be out before fall.

이후에는 MIT의 Bradley Pentelute 교수님이 연사로 오셔서 아주 재밌게 강연을 들었다. 사실 이분이 MIT 면접 봤을 때 Matthew Shoulders 교수님과 함께 들어오셔서 절대 잊을 수가 없다(좀 무서웠다 ㅎㅎ). 그때도 멋있는 정장을 입고 계셨는데, 역시 오늘도 남다른 색의 three piece suit을 입고 오셨다. 면접 때는 15분밖에 없었고 내가 말을 거의 다 해야 했어서, 이분이 뭘 정확히 하는지 발표 스타일이 어떤지 전혀 알 수 없었는데, 오… 좀 놀라울 정도로 빠져들게 발표를 잘하셨다. 불과 1년 전에 봤던 논문에 비해서 어떤 부분은 정말 엄청나게 발전해서(새로 시작하는 회사) 좀 뭐랄까, 어안이 벙벙해질 정도. 그렇게 멀지 않은 미래에는 필요한 protein들을 그냥 하루 만에 ex vivo peptide synthesis로 쉽게 얻어낼 수 있는 시대가 올 것 같다. Prospective peptide drug discovery 얘기도 아주 재밌게 들었고. 한편은 뭐랄까… 제약회사와 힘싸움을 하면 절대 안 된다는 생각이 다시 한번 박힌 발표인 것 같기도.

After that, Professor Bradley Pentelute from MIT gave a talk that was really interesting. I will never forget him because he was in the room with Professor Matthew Shoulders during my MIT interview (tbh, it was a little intimidating😅). He wore a sharp suit back then too, and today he showed up again in a three-piece suit in a uniquely bold color. Back then, I only had 15 minutes and had to talk almost the entire time, so I had no real sense of his work or his presentation style. Today, I was honestly surprised by how engaging he was. Compared to the paper I read about a year ago, some parts have progressed dramatically, especially with the new company he started. It made me feel almost speechless. It really feels like we might reach a future where we can obtain many of the proteins we want in a single day through ex vivo peptide synthesis. The discussion about prospective peptide drug discovery was also extremely interesting. At the same time, it reminded me again that you never want to compete head-to-head with pharmaceutical companies.

Seminar가 끝나자마자 Promega에서 새로운 BRETSA라는 assay를 개발해서, academia의 다양한 랩들과 collaboration을 통해 실제 현장에서 어떻게 잘 사용될 수 있는지 검증하기 위해 프로젝트를 논의하는 Shokat lab 미팅에 참여했다. 내 새로운 aim2가 너무나도 잘 맞아떨어지는 use case일 것 같아서 기대된다! Promega와 미팅이 끝나고는 준비를 하고 Kevan과 미팅을 들어갔다. 내가 나름 며칠 동안 치열하게 생각했던 것들에 대해 전부 잘 공유했고, 다행히 전폭적으로 지지를 해주셨다. 빨리 Bill과도 미팅을 해서 여러 변화한 부분들을 공유해야 할 텐데, 아마 늦어도 다음 주에는 Zoom으로 만날 수 있을 것 같다. 왜냐하면 이번 주에 side project 관련해서 Adam, Bo와 함께 Bill과 Zoom 미팅은 이미 잡혔기 때문. 일단 내일까지 Specific Aim page를 마무리하고 Kevan에게 공유하기로 했다. 미팅이 끝나자마자는 오늘 CCB 동기 친구들 3명의 자격시험 연습이 있어서 참석했다. 솔직히 이 세 명은 전혀 걱정이 되지 않는 친구들이라(그냥 든든하다) 긴장감이 있지 않았다 ㅋㅋㅋ. 역시 이 친구들 발표도 아주 깔끔하게 잘했다. 나도 첫 연습 발표까지는 2주 정도 남았는데 계속 바뀌고 있기도 하고, 갑자기 긴장이 확 됐다 ㅠㅠ 오늘 일이 많았어서 집에 가서는 바로 뻗은 것 같다.

Right after the seminar, I joined a Shokat lab meeting with Promega. They developed a new assay called BRETSA and want to collaborate with academic labs to validate how it can be used in real settings. I’m excited because my new Aim 2 seems like a perfect use case for it. After the Promega meeting, I met with Kevan. I shared everything I had been thinking through intensely over the past few days, and thankfully he was fully supportive. I need to meet with Bill soon to update him on all these changes, and hopefully we can Zoom by next week at the latest. We already have a Zoom scheduled with Bill, Adam, and Bo for the side project this week, so that should help too. For now, my goal is to finish the Specific Aims page by tomorrow and send it to Kevan. Right after that, I attended three CCB cohort friends’ qual practice talks. Honestly, I wasn’t worried about them at all🙂 They are just solid people, and their talks were clean and strong. My first practice talk is about two weeks away, but since things keep changing, my anxiety suddenly spiked. I had such a full day that I basically collapsed as soon as I got home.

Friday, March 20

오늘까지는 Specific Aim page를 어떻게든 완성하고 보내드려야 해서 아침부터 writing에 몰두했다. 솔직히 고백하자면, 이건 별개의 proposal로서 다뤄져야 하는 연구들인데 억지로 한 개로 묶어야 한다는 느낌이 너무 강하게 든다. 그리고 좌절스럽게도, 어제 Kevan에게 공유했던 내 아이디어가 매우 효과적으로 근본적인 문제를 해결한다고 생각했고 다른 사람들도 다 동의를 해줬었는데, 계속 제안서를 쓰고 더 파고들다 보니 이것 또한 치명적인 한계가 있었다. 하하… 정말 쉽지 않다.

I had to finish the Specific Aims page and send it by today, so I was writing nonstop from the morning. Honestly, it feels like these (aim1 and aim2) should be treated as separate proposals, but I’m forcing them into one, and that pressure feels very real. Even more frustratingly, the idea I shared with Kevan yesterday seemed to solve the core issue effectively, and other people agreed too. But as I kept writing and digging deeper, I found that it also has a fatal limitation. It’s really not easy.

일단 오전 수업을 가고, 오후에 드디어 Reaction Mech final까지 끝내서 TA를 무사히 마무리했다. 결국 이번에 찾아낸 새로운 문제를 해결할 방법은 찾지 못했고, 지금까지 쓴 제안서를 일단은 잘 마무리해서 Kevan에게 보냈다. 이제 자격시험이 얼마 남지 않았는데 계속 치명적인 결점이 나오니 막막해져서, 메일에 aim2로 했던 걸 확장해서 aim1까지 같은 theme로 가는 게 어떻겠냐는 제안까지 드렸다. 조금은 씁쓸하게 퇴근해서, 저번에 말했던 side project 미팅 준비를 했다. Bill이 중국에 있어서 8시가 넘어서야 미팅이 시작됐고, 생각보다 길어져서 끝나고 정리까지 다 하니 12시가 다 됐다. 그래도 이건 잘 풀리고 있어서 다행인 것 같은데, 이걸 내 자격시험에 언급할 수는 없다 보니 앞으로 어떻게 해야 할지 막막함이 썩 가시지는 않는다.

I went to class in the morning, and in the afternoon I finally finished the Reaction Mechanisms final, so my TA duties are basically wrapped up. In the end, I couldn’t find a solution to the new problem, but I finalized what I had and sent the Specific Aims page to Kevan anyway. Since the qual is coming soon and these fatal issues keep appearing, I felt stuck, so I also suggested in my email that maybe we should expand what was Aim 2 and make Aim 1 follow the same theme. I left work feeling a bit bitter, and then prepared for the side project meeting I mentioned before. Since Bill is in China, the meeting started after 8 p.m. It ran longer than expected, and by the time I finished notes and sent a meeting summary to them, it was almost midnight. It’s good that this side project is going well, but since I can’t mention it in my qual, the uncertainty about what to do next doesn’t really go away.

Saturday, March 21

내일은 현욱, 정서랑 요세미티를 가기로 해서 종빈이랑 러닝을 못 뛰니, 운동 끝나고 gym 옥상에서 조금이나마 싸이클을 탔다. 아무리 기분이 어떻고 뭐가 어떻고 해도 운동은 반드시 가려고 하는데, 역시 정신건강에 많은 도움이 된다. 몸을 혹사시켜야 일 생각을 못 한달까. 뭐 “혹사”라고 표현하는 건 좀 잘못된 것 같고, 사실 몸도 좋아지니 일석이조 아닐까. 오후에는 대청소를 하고, 블로그를 쓰고, An을 만나서 서로의 프로젝트 얘기를 좀 했다. 우리 둘은 qual 이후에도 아마 같이 한 프로젝트를 하게 될 것 같기도 하고, 서로의 thesis가 일정 부분 닮아 있는 부분이 있어서 이것저것 의견을 공유하고 있다.

Since I couldn’t run with Jongbin tomorrow because I’m going to Yosemite, I did a bit of cycling on the gym rooftop after my workout. No matter how I feel, I try to never skip exercise. It really helps my mental health. Sometimes it feels like I need to push my body to stop thinking about work. “Push” might not be the best word, because my body is getting healthier too, so maybe it’s a win-win. In the afternoon, I did a deep clean, wrote my blog, and met An to talk about our projects. After the qual, it feels like we might end up doing a related project together. Our theses also overlap in some ways, so we’ve been sharing ideas and opinions.

저녁에는 차이나타운에 가서 드디어 친구들을 만났다. 같은 약대 동기이자 스탠포드에서 박사과정을 하고 있는 혜림이도 와서 넷이서 맛있게 저녁을 먹었다. 오랜만에 편한 친구들을 보니 정말 정말 편했달까. 행복한 시간을 보냈다. 자리를 옮긴 카페가 닫을 때까지 얘기했는데, 왜 이렇게 시간이 빨리 가는지 ㅎㅎ 얘들이 편한 것도 있지만 모두 박사과정을 하고 있어서 공감 가는 부분이 많았을지도 모른다. 얘들을 오랜만에 보고 집에 가면서 왜인지 내 성격에 대해 많은 생각이 들었다. 미국에 온 지 벌써 1년 8개월이 넘었기에 말할 수 있는 건, 내가 그렇게 외로움을 많이 타지는 않는 편인 건 맞는 것 같다(그래서 혼자 있는 것도 편하게 느끼지만). 그런데 마음 편한 사람들과 있을 때가 혼자 있을 때보다 분명 더 좋은 사람이라는 것. 여기는 예전부터 알던 친구들이 전혀 없으니 처음부터 전부 새로 시작해야 했고, 나는 뭔가 기본적으로 같이 뭘 하지 않으면 마음을 붙이기가 참 어려운, 썩 사교적이지 않은 사람인데(심지어 사실 같이 시간을 보낸다고 마음이 자연스럽게 붙는 것도 아니다). 나이가 들수록 좋고 싫음이 확실해지니 마음도 더 잘 못 붙이겠고. 적응해야 할 것도 많아서 그냥 눈앞의 것들에 집중하며 살았던 것 같다. 이걸 핑계 삼아 다른 관계들을 만들 여유가 없다는 생각을 굳혀왔는지도. 일단 자격시험이 끝나면, 새로운 환경에 온 만큼 나도 이런 쪽으로는 마음을 더 열고 다양한 사람들을 만나고 친구를 찾아야겠다는 작은 다짐을 했다.

In the evening, I finally met my friends in Chinatown. 혜림 also came. She is also a pharmacy school classmate and is now doing a PhD at Stanford, so the four of us had a great dinner. Seeing close friends after a long time felt incredibly comfortable, and I was genuinely happy. We moved to a cafe afterward and talked until it closed, and time flew. Part of it is that these friends feel comfortable, but also maybe because we are all in PhD programs and can relate to each other deeply. On my way home, I found myself thinking a lot about my personality. I’ve been in the U.S. for over a year and eight months now, and I think it’s true that I’m not someone who gets extremely lonely, and I’m usually comfortable being alone. But I also realized that I’m definitely a better version of myself when I’m with people I truly feel comfortable with. Here, I had to start relationships from scratch because none of my old friends were around. I’m not naturally very social, and I find it hard to attach myself to people unless we are doing something together. Even then, just spending time together doesn’t automatically make me feel close. As I get older, my likes and dislikes feel more fixed, and it feels even harder to open up. I’ve also been focused on adapting and just surviving the immediate tasks in front of me, and maybe I used that as an excuse to convince myself that I don’t have room to build new relationships. After my qual, since I chose to come into a new environment, I want to open my mind more, meet more people, and actually try to find friends here. That’s a small promise I made to myself.