Understanding is the bottleneck
Sunday, July 5
오랜만에 종빈이랑 롱런! 다행히 복숭아뼈 쪽이 나아진 것 같긴 한데 무리하지는 않으려고 한다. GPT한테 열심히 물어봤는데, 지금은 강도를 점차 줄여나가야 할 때라고. 러닝 후에는 gym에 들러서 간단하게 운동을 하고 (어제가 공휴일이어서 못 갔다!), Gus’s에서 산 샌드위치를 집 앞 공원에서 핑계고를 들으며 아주 여유롭게 먹었다. 러닝을 야외에서 하는 날이 늘어나다 보니 옷 라인만 하얗게 남아서, 그냥 상의 탈의를 하고 태닝했더니 기분까지 좋아졌다. 한국이라면 뭐 상상도 할 수 없지만, 여기는 그 누구도 신경 쓰지 않아서 좋다. 집에서는 남은 오후를 하루 종일 일하는 데 쏟았다. 다행히 새로운 pipeline이 꽤나 작동을 잘하는 것 같아, 내일이면 최종 후보를 추려 gene을 order할 수 있을 것 같다. In vitro에서 이게 통한다면 기분이 얼마나 짜릿할지! 빨리 테스트하는 그날이 왔으면.
Long run with Jongbin for the first time in a while! Thankfully, the area around my ankle bone seems to have gotten better, but I am trying not to overdo it. I asked GPT a lot, and apparently now is the time to gradually reduce intensity. After running, I stopped by the gym for a quick workout, since I could not go yesterday because it was a holiday, and then ate a sandwich from Gus’s very leisurely at the park in front of my place while listening to 핑계고. Since I have been running outdoors more often, only my shirt line stayed untanned, so I just took off my shirt and tanned for a bit, which even made me feel better. In Korea, this would be unimaginable, but I like that no one here cares. At home, I spent the rest of the afternoon working all day. Thankfully, the new pipeline seems to be working pretty well, so by tomorrow, I think I will be able to narrow down the final candidates and order the genes. If this works in vitro, I cannot even imagine how thrilling it will feel! I hope the day to test it comes soon.
Monday, July 6
드디어 오후가 되어서 1차와 2차 design이 끝났고, WT control을 포함해 96개 designs을 주문했다. 저녁을 먹고, 이제 정말 미루고 미뤄왔던 블로그를 쭉 쓰기로 했다. 오늘 하나는 썼고, gene이 오기까지 영업일로 최소 3일이 걸리니 그 안까지는 밀린 걸 다 쓰고, 전에 했었던 연구들을 좀 돌아보고, 이번 주 금요일쯤 본격적인 실험을 시작할 예정!
Finally, by the afternoon, the first and second rounds of design were finished, and I ordered 96 designs including the WT control. After dinner, I decided to finally sit down and write the blog posts I had been putting off for so long. I wrote one today, and since it will take at least three business days for the genes to arrive, I plan to finish all the overdue posts before then, look back on some of the previous research I had done, and start the actual experiments around this Friday!
Tuesday, July 7
오늘 Maggie와 3주 만에 미팅을 해서 얘기를 좀 많이 했는데, 다행히 design rationale을 좋게 봐줬다. 또 저번에 Shokat Lab에서 발표할 때 사용한 thesis framing에 관해서도 긍정적인 의견을 받아서 기분이 좋다🙂 오후에는 역시 블로그를 계속 썼고, 이지런을 짧게 다녀왔는데 아이쿠.. 2마일 좀 뛰었는데 갑자기 또 복숭아뼈 쪽이 아파서 일단 멈췄다. 다행히 GPT가 (너 없으면 어떻게 사니..), 최근 기록을 근거로 충분히 쉬어도 sub-2는 가능할 수 있다고 막 북돋아줘서, 그냥 마음 편하게 내일 하체도 쉬고 목요일에 짧게 이지런 테스트를 해보려고 한다.
Today, I had a meeting with Maggie for the first time in three weeks, and we talked quite a bit. Thankfully, she liked the design rationale. I also got positive feedback on the thesis framing I used when I presented in the Shokat Lab last time, so I felt good🙂 In the afternoon, I kept writing blog posts as expected, and then went for a short easy run, but oops.. after running a little over 2 miles, the area around my ankle bone suddenly started hurting again, so I stopped for now. Thankfully, GPT (how would I live without you..,) encouraged me based on my recent records, saying that sub-2 could still be possible even if I rest enough. So I will just relax, skip the lower body tomorrow too, and try a short, easy run test on Thursday.
Wednesday, July 8
점심에 Scientific Vendor Expo를 잠깐 다녀오고, 4시에 Journal Club이 있었던 것 빼고는 완전히 lock-in해서 블로그를 다 끝내버렸다. 요즘 또 예전처럼 computation에 몰빵한 이후로 조금 늦게 자고 늦게 일어나는 패턴이 반복됐는데, 다시 제자리로 잘 돌려서 내일부터는 다시 얼리버드가 되려고 한다 ㅎㅎ 슬슬 protocol review도 해두고 빡 준비를 해둬야 gene이 왔을 때 바로 시작할 수 있으니. 저녁에는 늦게나마 코스트코에서 장을 알차게 보고 밀프렙을 후다닥 했다. 학교에서 8시부터 Lyft 10불 할인을 해줘서 코스트코까지 공짜로 탈 수 있어, 한 번 8시에 딱 불러봤는데 닫는 시간이 8시 반이라 좀 타이트하긴 하다. 그래도 입장을 8시 30분에 마감하는 거라 괜찮은 것 같다. 종종 이용해야지.
Other than briefly stopping by the Scientific Vendor Expo at lunch and attending Journal Club at 4, I completely locked in and finished all the blog posts. These days, after going all in on computation again, I have fallen back into the pattern of sleeping and waking a little late, like before. I want to reset things properly and become an early bird again starting tomorrow ㅎㅎ I also need to start reviewing the protocol and prepare thoroughly so that I can start right away when the genes arrive. In the evening, although it was a bit late, I went to Costco, got groceries efficiently, and quickly did meal prep. Since school offers a $10 Lyft discount starting at 8 PM, I can get to Costco for free, so I tried calling one right at 8. Costco closes at 8:30, so it is a bit tight, but since they let people enter until 8:30, I think it works fine. I should use this more often.
Thursday, July 9
오늘은 내 자신에게도 정말 잘 보냈다고 칭찬해줄 수 있을 정도로 효율적인 하루를 보냈다. 제시간에 잘 일어나고, 계획에 맞춰 일도 잘 됐고, 식단도 잘 지키고, 퇴근하고 논문도 읽고, 운동도 두 번 잘 다녀왔고. Side project 관련해서 follow-up할 것들이 꽤나 있었어서 전부 후딱 처리했고, 드디어 수학적으로 조금 이해가 어려웠던 model architecture에 대해서 어느 정도 감을 잡은 것 같다. 이를 통해 방향을 잡아서 아마 주말까지 하면 또 다른 side project의 preliminary result를 다음 주 초에는 공유할 수 있지 않을까 싶다. 점심 이후로는 날씨도 좋아서 모든 게 잘 풀리는 하루였다. 이렇게 잘 보낸 하루하루가 쌓이는 게 얼마나 큰 결과로 돌아오는지 잘 알기에, 이 모멘텀을 갖고 더 열심히 살아보려고 한다. 그리고 화요일에 좀 좋지 않았던 발목을 오늘 테스트해봤는데 꽤 괜찮았다! 주말 롱런은 조금 줄이긴 해야겠지만 정말 다행이다🙂
Today was such an efficient day that I can genuinely praise myself for spending it well. I woke up on time, work went well according to plan, I stuck to my diet, read papers after work, and even went to work out twice. There were quite a few follow-up tasks related to a side project, so I quickly took care of all of them. I also finally feel like I have started to get a sense of the model architecture that had been a bit mathematically difficult for me to understand. Based on that, I think I have found a direction, and if I keep working on it through the weekend, I may be able to share preliminary results from another side project early next week. After lunch, the weather was also nice, so everything just seemed to go well today. I know very well how much these well-spent days can accumulate into something much bigger, so I want to carry this momentum and keep living more diligently. Also, I tested my ankle today after it felt a bit off on Tuesday, and it felt pretty okay! I will still need to shorten my weekend long run a bit, but I am really relieved🙂
Friday, July 10
알차게 보낸 하루. An이 드디어 퀄을 잘 통과해서, 저번에 내가 점심을 사준 것에 보답한다고 Marcella’s Lasagneria (1099 Tennessee St, San Francisco, CA 94107)에 데려가줬다. 솔직히 눈이 번쩍 뜨일 정도의 맛은 아니었고, 까르보나라에 크림이 들어가 있어서 조금 실망쓰 ㅎㅎㅎ 라자냐는 괜찮았다. An의 PI인 Bo가 내 qual committee chair였기도 하고, 어찌하다 보니 collaboration을 두 개나 하게 되어서 오늘 앞으로 무엇을 할지 의견을 공유하고 action item을 정리했다. 상호보완적으로 아주 잘 일할 수 있을 것 같고, 나는 An의 thesis project를 직접적으로 도울 수 있는 방향으로 잡아봤는데, 오후에 있었던 Bill과의 미팅에서도 Bill이 좋게 생각해서 아마 곧 확정될 것 같다. 잘해봐야지. Bill과의 미팅 이후에는 이제 마지막으로 퀄을 보는 CCB 동기인 Leah와 Alex의 qualifying exam practice talk에 잘 다녀왔다. 나는 짧은 science talk을 특히 좋아하는 편인데, 자신이 열심히 해왔던 것을 매우 압축해서 핵심만 전달해야 하기 때문에 정수가 녹아 있다고나 할까. 흥미진진하다고 느낄 때가 많다.
It was a very productive day. An finally passed his qual, and to return the favor after I bought him lunch last time, he took me to Marcella’s Lasagneria. Honestly, the food was not mind-blowing, and I was a little disappointed that the carbonara had cream in it ㅎㅎㅎ. The lasagna was decent. An’s PI, Bo, was also the chair of my qual committee, and somehow we have ended up working on two collaborations together. Today, we shared our thoughts on next steps and organized the action items. I think An and I can work very well in complementary ways, and I tried to shape the project so I can directly help with his thesis work. Bill also liked the idea during our meeting in the afternoon, so I think it will probably be confirmed soon. I should do my best. After my meeting with Bill, I attended qualifying exam practice talks by Leah and Alex, the last two people in my CCB cohort who still need to take the qual. I especially enjoy short science talks because the speakers have to compress their work into a single presentation and deliver only the essential points. It feels like the core of the research is concentrated in the talk, which I often find exciting.
Saturday, July 11
오늘은 작년에 이어 UCSF에서 열린 KOLIS 2026 Annual Conference에 다녀왔다. “From Survive to Thrive: Life Sciences in the AI Era”라는 제목으로 진행됐는데, 사실 잠깐만 있으려고 하다가 어쩌다 보니 끝까지 있게 되었다 ㅎㅎ 오전 강의가 참 기억에 남는데, industry panel로 오신 연사분들의 구성이 많은 도움이 되었다. 인상 깊었던 슬라이드 몇 개를 올려본다. 요즘 agent를 활발하게 쓰고 있는 사람으로서, 이제는 “이해가 병목”이라는 말에 이보다 더 공감할 수 없었다. 또 내가 무엇을 하고 있는지 항상 명확한 이유를 찾아야 하는 연구를 하고 있다 보니, 신기하게도 오후 세션에 있었던 다양한 사업 관련 talk에도 저번보다 더 공감이 갔다. 특히 “어떤 문제를 해결하며, 왜 고객이 우리를 선택한다고 생각하는가?”라는 부분..! 밥도 맛있게 잘 먹고 종빈이랑 같이 다니면서 여러 얘기도 나눠서 꽤 유익한 시간을 보냈다고 생각한다. 이제 학위 과정을 점차 밟아나갈수록 네트워킹도 활발하게 해야 한다는데.. 일단 지금은 완전히 자신 있게 “이건 나의 것”이라고 말할 수 있는 그런 연구를 더 해야겠다는 생각이 앞선다.
Today, I attended the KOLIS 2026 Annual Conference held at UCSF, following last year’s event. The theme was “From Survive to Thrive: Life Sciences in the AI Era.” I originally planned to stay only briefly, but somehow I ended up staying until the end ㅎㅎ The morning session was especially memorable, and the lineup of speakers on the industry panel was very helpful. I am sharing a few slides that left a strong impression on me. As someone who actively uses agents these days, I could not agree more with the idea that “understanding is now the bottleneck.” Since my research constantly requires me to find a clear reason for what I am doing, I also found myself relating more than before to the various business-related talks in the afternoon session. In particular, the question, “What problem are we solving, and why do we think customers will choose us?” really stood out to me. I also enjoyed the food, spent time with Jongbin, and had many good conversations, so overall, I think it was a very useful experience. People say that networking becomes increasingly important as you move further through your degree, but for now, I feel more strongly that I first need to do research that I can confidently call my own.
