Rebuilding

Sunday, March 29

갑갑한 마음이 잘 가시지는 않지만, 그래도 역시 러닝을 다녀오니 좀 기분이 나아졌다. 또 공부를 좀 하다가 Bill이 시간을 내줘서 한 시간 좀 넘게 미팅을 했는데, 다행히 기존 방향에 한계가 있다는 것에는 합의를 했고 대안들을 적극적으로 생각해보기로 했다. 물론 aim1 자체를 갈아엎는 것에 대해서는 아직 의견 조율이 잘 안되어서 내일 Kevan이랑 셋이서 미팅할 때 다시 얘기를 꺼내보려 한다. 아무래도 이 계산이 여러 고려 조건을 동시에 생각해야 해서, 직관으로 한 부분만 보았을 때는 각각의 조건들이 쉬워 보이지만 막상 한꺼번에 고려하면 굉장히 어렵기에 설명하는 데 애를 먹고 있다. 뭔가 좋은 방법이 없을지…

Even though the frustration hasn’t fully gone away, I felt a bit better after going for a run. I studied a bit, and then Bill made time to meet for a little over an hour. Thankfully, we agreed that the current direction has real limitations, and we decided to actively think through alternatives. Still, we haven’t aligned on whether we should completely rebuild Aim 1, so I plan to bring it up again tomorrow in our meeting with Kevan. This calculation is hard because it forces us to consider multiple constraints at the same time. Each constraint looks manageable in isolation, but once you combine them, it becomes genuinely difficult. I’m struggling to explain it clearly. I wonder if there’s a better way.

Monday, March 30

오늘 3자 미팅을 했는데 결국 aim1을 갈아엎지 않는 방향으로 결론이 났다… 심지어 내가 했던 계산에 대해 아직 서로 진정으로 이해하고 있다는 생각이 들지 않았다. 미팅 전후로 Kevan이 1:1으로 시간을 써줬는데, Bill과의 미팅 이후에도 거의 두 시간 가까이 더 같이 있어주고 방향을 같이 생각해줬다. 정말 정말 감사하다. 일단 할 일을 정한 후에 최대한 다시 한 번 빨리 Bill을 만나서 얘기를 해보려고 한다. 뭔가 누구나 쉽게 이해할 수 있게 script를 시각화할 수 있는, 본인이 원하는 값을 자유롭게 넣고 계산 결과를 즉각적으로 여러 상황에서 비교할 수 있는 그런 툴을 만들어야겠다고 생각했다.

We had our three-person meeting today, and we ultimately decided not to overhaul Aim 1. On top of that, I still don’t feel like we truly understand my calculation in the same way. Kevan also spent time with me one-on-one before and after the meeting, and even after the meeting with Bill he stayed with me for almost two more hours to think through the direction together. I’m really, really grateful. After we defined the next action items, I want to meet with Bill again as soon as possible to talk it through. I also realized I probably need to build a tool that visualizes the script in a way anyone can understand, where you can freely plug in values and instantly compare outcomes across different scenarios.

Tuesday, March 31

오늘 Bo(qualifying exam chair)를 만나서 qualifying exam 관련 얘기를 했다. 최근에 많이 바뀐 데다가, Bo의 expertise인 fluorescence 부분을 빼는 것에 대해 논의를 하고 있어서, 이를 어떻게 생각하는지 꼭 물어봐야 하는 중요한 시간이었다. 다행히 새로운 아이디어를 잘 지지해주셔서 한숨 놓았다. 물론 이제 거의 새로운 것으로 시작해야 해서 준비가 훨씬 많이 필요하겠지만, 찝찝한 마음을 갖고 어떻게든 밀어붙이는 것보다는 훨씬 마음이 편할 것 같다. Bill과 Kevan에게 Bo의 의견과 더불어 어제 미팅 정리 내용을 보냈는데, 밤늦게 Bill에게 메일이 왔고 아직 확실하게 의견 조율이 되지는 않는다는 걸 느꼈다. 일단 다시 미국에 오셨을 때 직접 칠판에 적어가면서 서로 얘기하는 게 좋을 것 같긴 한데, 그럼에도 이제 한 달도 안 남은 좀 급한 상황이라 결국 Safari에서 바로 열어볼 수 있는 calculator를 만들었다. 내일 Kevan과 얘기해보고 모두에게 공유하려고 한다.

Today I met with Bo (my qualifying exam chair) to talk about my qualifying exam. Since things have changed a lot recently, and we are discussing removing the fluorescence component (which is Bo’s area of expertise), it was an important meeting because I really needed his opinion. Fortunately, he strongly supported the new idea, and I felt relieved. Of course, that means both Aim 1 and Aim 2 would become almost entirely new, so the preparation burden will be much heavier. Still, it feels much better than forcing myself to push forward with an approach that feels fundamentally unsatisfying. I emailed Bill and Kevan Bo’s thoughts and a summary of yesterday’s meeting. Late at night, Bill replied, and I could tell we still are not fully aligned. Ideally, we should discuss this at a chalkboard when he’s back in the U.S., but we’re also in a time crunch with less than a month left. So I went ahead and built a calculator that can be opened directly in Safari. I’ll discuss it with Kevan tomorrow and then share it with everyone.

Wednesday, April 1

Kevan을 만나 script에 대한 피드백을 받고, 이를 수정하면서 논문을 쭉 읽었다. 새로운 proposal의 specific aim도 슬슬 써야 할 것 같은데 금요일에 다른 committee를 만나고 본격적으로 시작할 수 있을 것 같다…

I met Kevan, got feedback on the script, revised it, and kept reading papers. I should probably start drafting the Specific Aims for the new proposal soon, but I think I can begin after I meet another committee member on Friday.

Thursday, April 2

오늘도 Kevan이랑 한참을 얘기했다. 정말 감사하게도 출장 중임에도 계속 Slack으로 추가로 읽어볼 논문들을 제시해주고, 짠 script를 직접 사용해보면서 의견을 나눴다. 점차 길이 잘 잡혀가는 것 같은데, 동시에 새로운 aim의 어려움도 보이기 시작하는 것 같다 ㅋㅋ…🙂‍↕️

I talked with Kevan for a long time again today. I’m genuinely grateful that even while he’s traveling, he keeps sending papers to read on Slack and is willing to try out my script himself and discuss it with me. The direction feels like it’s gradually taking shape, but at the same time, the difficulty of the new aim is also starting to become more obvious. Sigh.

Friday, April 3

오늘 또 다른 committee인 Adam을 만났고, 정말 다행히도 바뀐 aim을 전체적으로 좋아하셨다. 보통 지금까지 커미티를 만나면 한 번쯤은 뭔가 걸리는 게 있어서 한참 의논을 했어야 했는데, 이렇게 스무스하게 넘어가니 기분이 아주 좋았다 ㅎㅎ. 미팅에서 의논했던 부분을 Bill과 Kevan과 공유를 하고, Kevan과는 오늘도 계속 이야기를 했다. 심지어 학회에서 여러 사람들에게 나의 상황을 얘기를 했고, aim1의 alternative approach가 될 수 있는 아이디어를 가져오셨다. 왜 이쪽으로는 생각을 하지 못했을까 신기할 정도로 간단하면서도, 기존의 문제점을 잘하면 아예 없애버릴 수 있는(물론 쉽지는 않아보인다) 방법이라 아주 흥미로워 보인다. 전화 통화까지 서슴없이 해주시고 시간을 또 많이 써주셔서 정말… 힘이 된다. 밤늦게까지 이 아이디어를 어떻게 시각화할 수 있을지 여러 가지를 시도해보았고, 처음 결과를 공유했다. 이게 된다면 정말 신기할 것 같다. 아 그리고 조금 마음이 또 놓이는 것은, 내가 지금까지 했던(예전 proposal)의 data를 버리는 게 아니라 다른 방면으로 살려서 collaboration 할 수 있을 것 같은 기회가 온 것. 내가 아까운 마음에 계속 다른 방식으로 활용할 수 있지 않을까 고민하다가 Bo에게 나름의 아이디어를 갖고 제안을 해보았는데, 흔쾌히 다음 주에 관련 내용을 lab 사람들 앞에서 발표할 수 있는 기회를 주셨다. 역시 시간을 나름 열심히 썼다면 진짜 어떻게든 도움이 되는 것 같다.

Today I met another committee member, Adam, and thankfully he liked the revised aims overall. In the past, whenever I met with a committee member, there was usually at least one major sticking point that required a long discussion, so it felt really good that this one went smoothly. I shared what we discussed with Bill and Kevan, and Kevan and I kept talking as well. He even told several people at the conference about my situation, and he brought back an idea that could serve as an alternative approach for Aim 1. It’s almost surprising how simple it is, and if it works, it could eliminate the core issue entirely, though it still doesn’t look easy. He even called me to talk through it and spent a lot of time on it, which honestly gives me a lot of strength. I stayed up late trying different ways to visualize the idea, and I shared an initial result. If this works, it would be amazing. Also, something that made me feel calmer is that my previous proposal data might not be wasted. I’ve been thinking about whether I could repurpose it in another direction, and I proposed an idea to Bo. He kindly offered me a chance to present it to his lab next week. It feels like if I truly put in effort, it somehow finds a way to be useful.

Saturday, April 4

오늘은 어제 Kevan이 제안한 idea를 구체화하는 데 거의 하루를 다 쏟았다. NVIDIA에서 최근에 나온 Proteina-Complexa, 그리고 MASTER(atomistic tertiary fragment search, ATFS 문제를 풀기 위한 하나의 solution)를 사용해서 그럴싸한 figure까지 만들 수 있었는데, 내일 Bill에게 검토받고 Kevan과도 공유할 생각이다. Ligand와 protein을 동시에 인식하면서, separate protein chain에 대해 motif scaffolding하는 게 아직 없는 게 참 아쉽다. Proteina-Complexa도 이런 방향으로 활용하는 구체적 예시가 없고, 아무리 이것저것 건드려봐도 안 되는 것 같다… 기존에 있는 도구를 어떻게 섞어서 어떻게 필터하면 비슷한 결과를 낼 수 있는지, 조금 더 고민이 필요하다.

Today I spent almost the entire day concretely developing the idea Kevan suggested yesterday. I used NVIDIA’s recently released Proteina-Complexa and also MASTER (a solution for the atomistic tertiary fragment search, ATFS, problem) to make a reasonably convincing figure. I plan to get Bill’s feedback tomorrow and share it with Kevan as well. It’s still frustrating that there doesn’t seem to be a tool that can simultaneously recognize a ligand and a protein while doing motif scaffolding across a separate protein chain. Proteina-Complexa also doesn’t have concrete examples for this use case, and no matter what I try, it doesn’t seem to work. I think I need to think more about how to combine existing tools and filtering strategies to achieve something similar.