Go for it

Sunday, March 1

오전에 날씨가 썩 좋지는 않아서 밖에서 뛰지는 않았고, 처음으로 7.5마일을 뛰었다! 이제 슬슬 평일에도 뛰는 시간을 늘려야 할 것 같은데, 자격시험이 끝나야 본격적으로 더 시간을 쓸 수 있을 듯하다. 특별한 건 없이, 오늘은 연구실에 나가서 일을 좀 많이 했다.

The weather wasn’t great in the morning, so I didn’t run outside, but I ran 7.5 miles for the first time. I think I should start increasing my weekday running time soon, but I will probably only be able to commit real time after my qual. Nothing special otherwise. I went to the lab and got a lot of work done.

Monday, March 2

오늘은 랩미팅과 TA, Kevan과의 미팅 외에는, Shokat lab 대학원생 동기 중 한 친구의 프로젝트를 조금 도와주기로 해서 그 분석에 집중했고, 또 새로운 side project를 하나 더 할 수 있을 것 같아 그것도 조금 공부했다. 상당히 흥미로운데 어서 자격시험이 끝나고 이것에도 시간을 좀 쓸 수 있었으면 좋겠다.

Besides lab meeting, TA, and my meeting with Kevan, I helped a friend in the Shokat lab cohort with some project analysis. I also studied a new side project that I might be able to take on. It’s really interesting, and I wish my qual were over so I could spend more time on it.

Tuesday, March 3

와… 오늘 미팅이 다섯 개나 있어서 진짜 정신이 없었다. 그래도 다들 고맙게 시간을 내서 내 진척 상황을 주기적으로 확인해주니, 좀 지치는 날에도 힘을 내서 할 수 있게 되는 것 같다. 한 미팅은 또 다른 side project에 대한 것이었는데, 이것도 흥미롭긴한데 역시 퀄이 끝나고 조금씩 시작할 수 있을 것 같다. Protein design을 할 수 있다는 게 이렇게 다양한 연구 방향을 추구하는 데 도움이 될 줄이야. 점심은 DeGrado lab의 김 박사님과 먹었는데, 항상 연구 얘기도 잘 들어주시고 조언도 많이 해주셔서 의지가 많이 되는 감사한 분이다. 요즘은 거의 Shokat lab에서 일을 하고 있어서 자주 뵙지 못하는 게 아쉽다. 퀄 끝나고 맛있는 저녁 사드리기로 했는데, 어서 그날이 왔으면 ㅎㅎ

I had five meetings today, so it was total chaos😨 Still, I’m grateful that people keep making time to check my progress, because it helps me push through even on draining days. One meeting was about another side project, and it also seems interesting, so I can probably start it little by little after the qual. It’s funny how being able to do protein design opens so many different research directions. I had lunch with Dr. Kim from the DeGrado lab. He always listens to my research story well and gives great advice, so I really appreciate him. These days I’m mostly working in the Shokat lab, so I don’t see him often, which is a bit sad. I promised I’d treat him to a nice dinner after my qual. I hope that day comes soon.

Wednesday, March 4

오늘은 다행히 미팅이 하나밖에 없어서(물론 TA는 있었지만) 할 일에 좀 집중할 수 있었다. 요즘 실험을 점차 줄이고 퀄 준비에 본격적으로 시동을 걸고 있어서, 정보를 효과적으로 정리하고 기록하는 게 더 중요하다고 많이 느끼고 있다. 그래서 이것저것 방법을 찾아보다가 brain dump와 time boxing이라는 관리법을 접해서 오늘부터 본격적으로 도입해봤다. Obsidian으로 daily note를 만들어 활용해보려 하는데, 과장이지만 벌써 좋은 게 느껴진다. 항상 오히려 시간이 많으면 딱 집중하기가 쉽지 않은데, 아침 일과 전에 블록으로 할 일을 정해두니 조금 더 강제성이 생기고 다음에 뭘 해야 할지도 더 뇌리에 박히는 느낌이랄까. 추천한다! 퇴근하곤 집 청소도 깔끔하게 하고, 조금 느슨해졌던 식단도 다시 잘 지켜보려고 식단표도 짰다. 화이팅!

Thankfully I only had one meeting today (TA still happened), so I could focus on work. Since I’m gradually cutting down experiments and ramping up qual prep, I’m realizing how important it is to organize information efficiently. I came across two methods, “brain dump” and “time boxing,” and started using them today. I’m trying to use Obsidian daily notes, and I can already feel the benefit. When I have too much free time, paradoxically it’s hard to focus, but boxing time before my morning routine adds some kind of pressure and makes the next steps stick in my head more. Highly recommend! I also cleaned the house and made a meal plan to get my diet back on track.

Thursday, March 5

드디어 여유 있는 목요일이라 하루 종일 내 할 일에 집중할 수 있었다. 그제 제안받았던 side project에 관해 포닥과 잠깐 얘기한 것 말고는 거의 전부 내 일에 시간을 쓴 것 같고, 예전부터 해오던 pipeline의 QC 방법까지 드디어 전부 정립했다. 이 방법을 다른 프로젝트에도 최대한 적용할 수 있으면 앞으로 효율이 급격하게 올라갈 것 같아서 설렌다.

Finally a relaxed Thursday, so I could focus on my own work all day. Other than a short chat with a postdoc about the side project that was suggested to me the other day, I spent almost all my time on my main tasks, and I finally finished setting up the QC method for a pipeline I’ve been working on for a while. If I can reuse this pipeline across other projects, I think my efficiency will improve significantly, which is exciting.

일 끝나고는 아마 처음인 것 같은데, DeGrado lab 사람들과 다 같이 맥주를 마시러 Fieldwork라는 곳에 갔다. 아니 이런 곳이 있었다고? 싶을 정도로 위치가 좋은 Fieldwork SF China Basin Park(1 China Basin Pk Pathway, San Francisco, CA 94107, Oracle Park가 그대로 보인다)였는데, 버클리에서 박사를 한 포닥이 말하길 꽤 유명한 체인이고 SF에는 최근에 생겼다고 한다. 저녁에는 조금 쌀쌀했지만 맥주도 분위기도 정말 좋았다. 날씨가 더 풀리면 한강처럼 가기 좋은 장소다. 추천! 아 그리고 얘기하다가 한 친구가 axe throwing이랑 smash room을 꺼냈는데 ㅋㅋ 말로만 듣던 도끼 던지기, 그리고 빠따로 다 깨부수는 활동이었다. 솔직히 한 번 가보고 싶은 마음도 있다. 특히 smash room은 가족이나 친구가 힘든 일을 겪었을 때 데려가면 좋겠다는 의견이 있었는데, 그럴 수도 있겠다는 생각이 들었달까.

After work, for maybe the first time, I went with DeGrado lab people to get beer at a place called Fieldwork. The location was so good that I was like, “Wait, this place existed?” We went to Fieldwork SF China Basin Park (1 China Basin Pk Pathway, San Francisco, CA 94107) with a direct view of Oracle Park. A postdoc who did his PhD at Berkeley said it’s a pretty famous chain and the SF location opened recently. It was chilly, but the beer and vibe were great. When the weather warms up, it feels like a great spot to hang out, like a pub with outdoor seating near the Han River. Highly recommend. Also, someone brought up axe throwing and a smash room. The smash room is the one where you basically break everything with a bat. I kind of want to try it at least once. Someone said it could be good to take a friend or family member who is going through something hard, and I can see that.

Friday, March 6

벌써 금요일이라니. 오늘 따로 미팅은 없었지만, 제출한 논문에 대해 Kevan에게 받은 feedback을 바탕으로 여러 의견을 나누었다. 확실히 실용성 측면에서 공격받을 만한 약점이 있어서, 이걸 어떻게 보완할지 고민이다. 일단 여러 방향을 생각 중이고 주말에 몇 가지는 시도해볼 것 같다. 이 외에는 Renslo lab과 진행하는 side project도 속도를 좀 냈다. 퀄 전에 빨리 할 수 있는 실험들은 먼저 최대한 해보고 결과를 얻어보려고 한다. 결과가 생각보다 좋아 보이긴 하는데 variability가 꽤 커서, 몇 번 더 반복해봐야 할 것 같다.

It’s already Friday. I didn’t have any scheduled meetings today, but I discussed Kevan’s feedback on our submitted manuscript. There’s definitely a vulnerability where people can attack the practicality, so I’m thinking about how to address it. I have a few possible directions, and I’ll try a couple of experiments this weekend. Other than that, I pushed the side project with the Renslo lab forward. Before the qual, I want to run as many fast experiments as I can and get results. The results look better than I expected, but the variability is pretty large, so I need a few more repeats.

Saturday, March 7

벌써 한 달이 되어서 An과 함께 머리를 자르러 Chinatown에 갔다. Capital이라는 중식집은 도대체 몇 번을 얘기했는지 모르겠는데, 음식도 괜찮지만 역시 마지막에 받는 포츈쿠키 메시지가 궁금해서 자주 가게 된다. 이번 메시지는 “In dreams and in life, nothing is impossible.”였는데 솔직히 좀 찡했다. 지금 thesis project에 대해 받은 feedback을 열심히 정리하고 있는데, 아무래도 수학적으로 이건 도저히 할 수 없는 게 아닌가 하는 의심이 들기 시작했기 때문이다. 조금 더 파고들어봐야겠지만, 그렇다면 지금까지의 많은 노력들이 사실상 물거품이 될 수도 있어서 걱정이다. 물론 다른 프로젝트에도 적용 가능한 것들을 많이 배웠으니 이것 자체로 의미가 있다고 할 수도 있지만, 그래도 걱정되는 건 어쩔 수 없다. 당분간은 계속 매달려봐야 할 듯하다.

It’s been a month already, so I went with An to Chinatown for haircuts. I’ve talked about Capital so many times. The food is good, but honestly I keep going back because I’m curious about the fortune cookie message at the end. This time it said, “In dreams and in life, nothing is impossible.” It hit me, because I’ve been organizing feedback on my thesis project and I’m starting to suspect that, mathematically, it might be impossible. I need to dig deeper, but if that’s true, a lot of my effort so far could become meaningless, which worries me. Of course I learned many things that can transfer to other projects, so it still has value, but I can’t help feeling anxious. I think I have to be stuck on this for a while.