Pivot Week

Sunday, March 8

기가막힌 날씨. PSPG에 같은 년도에 입학한 종빈이라는 친구와 이번 주부터 같이 러닝을 하기로 했다. 둘 다 샌프란시스코 마라톤 first half를 뛰기로 해서 지금부터 조금씩 꾸준히 연습해보려 한다. 평일에 잘 안 뛰고 주말에 몰아 뛰려면 아무래도 힘든 감이 있는데… 평일에도 좀 뛰어보려고 열심히 노력해야지. 오늘은 예전에 제출한 논문에 대한 추가 분석을 하는 게 괜찮을 것 같다는 결론이 나서 거기에 시간을 좀 쏟았다. 근데 낸 지 한참이 된 것 같은데 아직도 리뷰가 안 오는 걸 보면, special issue라 submit 마감까지 기다렸다가 그 이후에 일괄적으로 진행하는 게 아닌가 싶다. 남은 시간에는, 저번에도 잠깐 말했듯이 thesis가 수학적으로 실현 가능성이 어려운 게 아닌가 하는 생각이 들어서 그걸 계속 파고들고 있다. 내가 일단 확신이 든 다음에, 다른 사람들에게도 선명하게 잘 설명할 수 있는 방법을 찾아야 할 것 같다.

The weather was incredible. Starting this week, I decided to run together with Jongbin, a friend who entered the PSPG program in the same year as me. We are both planning to run the first half of the San Francisco Marathon, so we want to practice consistently from now on. If I rarely run on weekdays and try to cram everything into the weekend, it definitely feels harder, so I need to try to run at least a bit during the week too. Today I also spent time on additional analysis for a manuscript I submitted earlier, since Kevan and I concluded that extra analysis could be worthwhile. It feels like it has been a long time, and there is still no review, so I wonder if it is a usual practice for a special issue to wait until the submission deadline and then process everything together. With the remaining time, I kept digging into the concern I mentioned before: that my thesis might be mathematically difficult to realize. I think I need to become fully confident first, and then find a way to explain it clearly to others.

Monday, March 9

이번 주로 시험을 제외하면 TA가 끝난다… 학부가 만약 있었고 TA를 더 해야 했다면 참 쉽지 않았을 것 같기도 하다. 다다음 주부터는 확실히 집중할 수 있는 시간이 더 많아지니, 자격시험 준비도 속도가 붙지 않을까 싶다. 오늘은 미팅, 수업 빼고는 하루 종일 계산 정리를 했고, 최대한 나름대로 명명백백하게 자료를 만들어서 Bill에게 공유했다(지금 돌이켜보면 이 문제가 이렇게까지 오래 갈지는 전혀 몰랐다).

This week, TA is basically over except for the exam. If UCSF had undergrad and I had to keep TA-ing, it would honestly be really tough. Starting the week after next, I should have much more uninterrupted time, so I hope my qual prep can finally pick up speed. Today, aside from meetings and class, I spent the whole day organizing calculations and tried to make the logic as clear as possible before sharing it with Bill(Looking back, I had no idea this issue would drag on this long).

Tuesday, March 10

아무리 고민을 해봐도 내 연구주제를 근본적으로 바꿔야 한다는 결론밖에 나오지 않았다. 일단 정신없이 다른 해결책이 없을까 하루 종일 고민하고 있다. Kevan에게도 얘기를 했고, 내일 만나기로 했다. 왜 지금까지 이걸 생각 못 했을까 하는 나에 대한 답답함 내지는 한심함도 들고 좀 막막하긴 한데, 어떻게든 될 거라 믿는다.

No matter how much I think about it, I keep coming to the same conclusion that I may have to fundamentally change my research direction. I spent the entire day trying to see if there is any other solution. I told Kevan, and we decided to meet tomorrow. I feel a bit frustrated with myself for not seeing this earlier, and it feels a bit gloomy, but I still believe it will work out somehow.

Wednesday, March 11

아침에 랩미팅이 끝나고 Bill과는 아주 잠깐밖에 얘기할 시간이 없었는데, 일단 서로 제대로 계산 결과를 공유하고 논의할 시간이 너무 부족했다. 이게 나는 손으로 계산하려다 너무 시간이 많이 걸려서 Python script를 짜서 numeric하게 푼 거라, 어떤 solution은 직관에 안 맞을 때도 있어서 이걸 짧은 시간에 말로 설명하기가 굉장히 어렵다는 걸 깨달았다. 나도 계산을 해보기 전까지는 마냥 되겠지라고 생각했는데, 택도 없었다는 걸 깨달았으니… Bill이 중국-일본으로 다음 주 목요일부터 한 달 넘게 가게 되어 좀 걱정이 되는데, 일단 준비를 잘하고 가시기 전에 어떻게든 논의를 해봐야 할 것 같다. 다른 방안도 계속 생각해보고는 있다… 이후에는 잠깐 미래의 side project가 될 수도 있는 일이 생겨서 미팅에 들어갔다가 Kevan을 만났다.

After the morning lab meeting, Bill and I had only a tiny window to talk, and there wasn’t nearly enough time to properly share and discuss the calculation results. I originally tried to do it by hand, but it took too long, so I wrote a Python script and solved it numerically. Some solutions don’t match intuition, and I realized it is extremely hard to explain this clearly in a short verbal conversation. Before running the calculations, I honestly thought it would probably work, but it turns out it is nowhere near that simple. Bill is leaving for China and Japan starting next Thursday for more than a month, which makes me a bit nervous. I need to prepare well and try to have a real discussion before he leaves. I am still thinking about alternative directions too. I also briefly joined a meeting that might become a future side project, and then I met Kevan.

정말 Kevan이랑 미팅할 때마다 느끼는 거지만, 어떻게 이렇게 전폭적인 지지를 받을 수 있을까 의심이 될 정도로 의견을 잘 수용해준다. 그리고 뭉개고 넘어가는 게 절대 없고, 내가 설명에서 부족한 부분이 있었으면 그걸 그냥 넘어가는 게 아니라 꼭 이해하고 논의를 계속하는 방향으로 대화를 잘 이끌어준다. 솔직히 지도교수님들을 보면 정말 똑똑하다는 생각이 들기도 하지만, 이런 인격적인 면에서 나도 저렇게 눈높이를 맞출 수 있는 사람으로서 저 자리까지 갈 수 있을까 하는… 그런 다른 면에서 벽을 느낀다. 어쨌든 일단 지금 해야 할 일은 어떤 점에서 정확히 현재 proposal에 취약점이 있는가를 매우 쉬운 언어로 정리하는 게 가장 급선무인 것 같고, 최대한 Bill과도 근시일 내에 오래 미팅을 해보려고 노력하되, 일단 18일에 세 명이서 미팅이 있어서 그때까지 논리를 잘 정리해보기로 했다. 무엇보다 조금 다행인 건 proposal의 절반은 조금 더 실현 가능성 있는 쪽으로 아예 방향을 틀어보는 걸로 Kevan과는 의견을 모았다. Bill에게도 빨리 알려야 할 텐데. 머리가 터질 것 같은 하루였는데 그래도 하나하나씩 풀려…가고 있다고 믿는다.

Every time I meet Kevan, I feel almost suspicious about how fully supportive he is. He takes my ideas seriously, and he never lets things slide. If something in my explanation is unclear, he does not just move on. He keeps asking until he genuinely understands, and he guides the conversation so we can keep reasoning forward. Sometimes I feel a “wall” not only in how smart my advisors are, but also in their character and in how they relate to people at their level. I wonder if I could ever reach that level as a person. Anyway, the most urgent task now is to summarize, in very simple language, exactly where the current proposal is vulnerable. I will try to meet with Bill for a longer discussion soon, but we will have a three-person meeting on the 18th, so my goal is to organize the logic clearly by then. One piece of good news is that Kevan and I agreed to pivot about half of the proposal toward something more feasible. I need to tell Bill soon. It was a head-exploding day, but I believe things are getting untangled, one step at a time.

Thursday, March 12

오늘 Maggie와 만나 내 계산 결과와 더불어 불과 한 주 사이에 일어난 많은 일들을 공유했다. 원래 매주 화요일 오전에 만나는데 이번에 좀 미뤄져서 이제서야 만나기도 했고, 이것저것 공유할 게 많았다. 역시 언제나 진심을 다해 들어주고 조언을 줘서 참 감사하다. 새로운 aim2는 굉장히 좋아 보인다고 말해줬고, 기존의 thesis 방향은 확실히 바꿔야 할 수도 있다고 얘기해주었다. 자기 연구는 지도교수나 그 누구보다도 본인이 가장 잘 알아야 한다고도 말해줬는데, 참 그 말이 너무나 맞다는 걸 뼈저리게 느끼고 있다. 미팅 이후에는 계속 미뤄왔던 side project가 있었는데, 그걸 지난주 토요일부터 조금씩 실험을 했고 여러 가지 고민을 거치고 오늘 global fitting이라는 걸 알게되어서 다시 한번 실험 조건 최적화를 한 후 돌렸다. 근데 생각지도 못하게 좋은 결과가 나와서 좀 믿기지가 않는데, 내일 다시 검증을 해봐야 할 것 같다.

Today I met with Maggie and shared my calculation results, along with everything that happened in just the past week. We usually meet on Tuesday mornings, but it got pushed back, so we finally met today, and I had a lot to update her on. As always, I’m grateful that she listens seriously and gives thoughtful advice. She said the new Aim 2 looks very promising, and that I may truly have to change the original thesis direction. She also said that you have to know your own research better than your PI or anyone else, and I’m feeling in my bones how true that is. After the meeting, I returned to a side project I had been putting off. I started running experiments on it last Saturday, thought through a bunch of things, and today I learned about “global fitting,” so I optimized the conditions again and ran it. Unexpectedly, the results came out so good that I almost don’t believe it, so I need to validate it again tomorrow.

Friday, March 13

검증도 했는데, 아무리 봐도 결과가 신기할 정도로 좋아서 Adam(collaborator)와 Bill에게 결과를 공유했고, 바로 다음 주 월요일에 미팅을 하기로 했다… 왜 다들 여러 연구를 동시에 진행하라고 하는지 알 것만 같다. 한쪽이 흐지부지되어도 살아날 구멍이 있을 수 있으니. 물론 이 side project로 내 thesis를 대체할 수는 없지만, 굉장히 흥미로운 방향으로 발전할 수 있을 것 같아 좋다. TA도 마지막 수업을 끝냈다. 다음 주에는 금요일만 가서 시험감독을 하면 된다. grading만 좀 하면 정말 끝! 또 추가 실험을 했는데 이것도 뭔가 신기한 결과가 나와서 월요일에 공유하려고 한다. Thesis 때문에 계속 걱정이 많았는데, 하나라도 잘 되니 기분이 좀 나아지는 것 같다.

I validated it, and the results still look almost unbelievably good, so I shared them with Adam (the collaborator) and Bill, and we immediately scheduled a meeting for next Monday. Now I understand why people say you should run multiple projects at once. Even if one direction stalls, another can keep you moving. Of course, this side project cannot replace my thesis, but it could grow into something really interesting, which makes me happy. I also finished the last TA class. Next week I only need to go in on Friday to proctor the exam. Once I finish grading, it will truly be over! I ran additional side-project experiments too, and those also gave surprisingly interesting results, so I plan to share them on Monday. I’ve been anxious about my thesis, but having at least one thing go well makes me feel a bit better.

Saturday, March 14

Side project 관련해서 더 내 쪽에서 뭘 할 수 있을지 예전에 생각했던 게 있어서 구체적으로 실험 계획을 짰다. 또 kinetic model도 만들었는데, 시간을 많이 쓴 것에 비해 결국 SPR로 k_on, k_off를 재지 않는 이상은 다 가정에 불과할 뿐이라 의미가 있는지는 모르겠다. 내 thesis proposal에 대해서도 계속 자료를 찾아봤다. 지금 상황이 쉽게 말해서 두 문제를 동시에 해결하고 싶은데, 지금까지 사람들은 오직 한 번에 한 문제만 해결할 수 있었다. 왜 두 개를 동시에 못했는지 아주 절실하게 알아가는 중이다 하하.

For the side project, I had an idea I had been thinking about for a while, so I wrote out a concrete experimental plan for what I can do next on my end. I also built a kinetic model, but despite how much time it took, I’m not sure how meaningful it is. Unless we measure k_on and k_off with SPR, it’s all just assumptions anyway. I also kept digging into references for my thesis proposal. In simple terms, I want to solve two problems at the same time, but so far people have only been able to solve one problem at a time. I’m learning the hard way why no one has been able to do both simultaneously🙂‍↕️