Pre-Race Excitement

Sunday, July 19

이제 정말 일주일 앞으로 대회가 다가왔다. 언덕 연습을 사실 한번도 하지 않아서, 맛은 봐야할 것 같아 Golden Gate Bridge (US-101, San Francisco, CA)로 아침부터 향했다. 어우 생각보다 너무 힘들어서 사실 서브 2를 할 수 있을까.. 라는 불안감이 생기긴했는데 그래도 미리 맛을 본게 다행이라고 생각한다. 두 시간 내에 들어오지 못하더라도 최선을 다할거다. 훈련이 끝나고 Pho 2000 (637 Larkin St, San Francisco, CA 94109)이라는 텐더로인 근처의 음식점에서 쌀국수를 먹어봤는데 아주 쌀쌀한 날에 뛰고나서 먹으니 최고였다 ㅎㅎ 저녁에는 월드컵 결승전을 잘 보고 하루를 마무리했다.

The race really is just a week away now. I hadn’t done any hill training at all, so I headed to the Golden Gate Bridge first thing in the morning to at least get a taste of it. Whew, it was a lot harder than I expected, and I did start worrying about whether I could really go sub-2.. Still, I’m glad I got a taste of it beforehand. Even if I don’t finish in under two hours, I’ll give it my best. After training, I tried the pho at a restaurant called Pho 2000 near the Tenderloin, and it was the best thing after running on such a chilly day ㅎㅎ. I ended the day by watching the World Cup final.

Monday, July 20

일로 꽉찬 월요일! 그룹미팅을 포함해 side project관련해서 또 Kevan과 Rachel과 미팅이 었었다. 요즘 새로운 장비를 셋업하면서 느끼는건, 단지 우리 랩에 없다고 해서 그냥 바로 포기할게아니라, 연구기관내의 Core나 넓게는 다른 연구실에서도 꼭 물어보고 현실적으로 도저히 구할 수 없으면 차선을 선택하는게 낫다는 것. 장비하나가 가져다주는 효과가 어마어마하다 (특히 여러 번 할거면).

A Monday packed with work! Besides group meeting, I also had another meeting with Kevan and Rachel about a side project. What I’ve been feeling while setting up new equipment lately is that I shouldn’t give up right away just because our lab doesn’t have something. I should make sure to ask around at the institution’s core facilities, and even other labs, and choose the next-best option only if there’s realistically no way to get it. The difference a single piece of equipment can make is enormous (especially if you’re going to do something many times).

Tuesday, July 21

한 학년 아래 친구중에 갑자기 지도교수님이 자리를 옮기게 되어서 DeGrado Lab에 들어갈 수 있는지 관심을 가지게 된 친구가 있어서 오늘 커피챗을 했다. 내가 만약 같은 상황이었으면 엄청 암담했을텐데 (갑자기 지도교수님이 다른 학교로 가버리시면.. 심지어 캐나다로 간다고 한다) 의연하게 잘 대처하고 있는 것 같다. 랩을 잘 구했으면 좋겠다! 시합 전 마지막 러닝을하고, 일요일 시합때 어떻게 달릴지 좀 계획을짰다.

A friend a year below me is suddenly having to deal with their advisor moving away, and she is interested in joining the DeGrado Lab, so we had a coffee chat today. I would have felt pretty hopeless in that situation (imagine your advisor suddenly leaving for another school.. apparently they’re even moving to Canada), but my friend seems to be handling it calmly. I hope she finds a good lab. I went on one of my last runs before the race and made some plans for how to run on Sunday.

Wednesday, July 22

오늘도 여럿 미팅..! gym에서 항상 안부인사를 하는 포닥(Rodrigo)이랑 가끔 과학얘기를하는데, 최근에 예상치 못한 현상을 발견했다고 해서 좀 들어주고 의견을 나눴다. 아마 또 다른 sideproject가 될수도 있을 것 같은.. 느낌이 드는데 ㅎㅎ 잘 지켜보려 한다. 또 오후에는 내가 design한 cyclic peptide가 드디어 와서, 실험을 했는데 아니!! 디자인한 11개 중에 11개가 hit이었다😳 물론 in vitro긴하지만 둘 다 엄청 놀랐다 ㅋㅋ cell에서만 통하면 대박일텐데, 일단 다음 실험을 계획하고 있다. Cyclic peptide를 dosing할때 Tecan의 D300e라는 machine을 썼는데 와.. 이게 원리가 잉크젯 프린터가 종이에 먹물을 정밀하게 뿌리는 걸 실험용 액체(시약, 화합물)에 적용한 것인데, increament가 무려 20pL (어떻게 생각하면 좋을까 2mL의 1억분의 1정도 라고 해야하나?) 단위로 컨트롤이 가능해서 매우 미세한 양을 정확하게 칠 수 있다. 완전 반해버린 머신.. 뭐 여튼 다시한번 장비의 중요성을 느낀다. 또 저녁에는 An과 하는 side project (정확하게 얘기를 못하고 이렇게만 뭉뚱그려 표현하는게 좀 죄송하지만 이해바란다! 나중에 결과가 publish되면 적어도 하나하나씩 다뤄볼 수 있을것같다) 에 대해서 An의 지도교수님을 포함해 3명이서 미팅을 했다. 다음 스텝이 정말 기대된다.

Another day with several meetings..! There’s a postdoc I always say hi to at the gym (Rodrigo), and we sometimes chat about science. He told me he had recently found something unexpected, so I listened and we exchanged ideas. I have a feeling this might turn into another side project.. ㅎㅎ see how it goes. In the afternoon, the cyclic peptides I designed finally arrived, so we tested them, and wait!! All 11 out of the 11 designs were hits. Of course, this was in vitro, but we were both really surprised ㅋㅋ. If they work in cells, that would be amazing; for now, we’re planning the next experiment. To dose the cyclic peptides, we used a machine called the Tecan D300e, and wow.. It applies the principle of an inkjet printer precisely spraying ink onto paper to experimental liquids (reagents and compounds). It can control dispensing in increments of just 20 pL (how should I put that… about one hundred-millionth of 2 mL?), so it can dispense extremely small amounts precisely. I’ve completely fallen for this machine.. Anyway, it reminded me once again how important equipment is. In the evening, An, his advisor (Bo), and I had a meeting about the side project An and I are working on (I’m sorry I can only refer to these projects vaguely instead of explaining exactly what they are, but I hope you understand! Once the results are published, I think I’ll be able to write about them one by one). I’m really looking forward to the next step.

Thursday, July 23

OT-2를 계속 셋업하고있는데, 아무래도 새로운 pipett arm이 필요할 것 같아서 주문했다! 이게 오면 이제 miniaturized scale로 다양한 protein에 대해 FI assay를 할 수 있어 pilot으로 적은 양만 발현하고 얻는 내 pipeline에 아주 잘 맞을 것 같다. 오후에는 포닥과 cyclic peptide 관련해서 추가 biochemical assay를 하고, 퇴근을 일찍하고 종빈이랑 코스트코에 잘 다녀왔다. 이제 식단도 제대로 다시 해야할텐데 흐

I’ve been continuing to set up the OT-2, and it looks like I’ll need a new pipetting arm, so I ordered one! Once it arrives, I’ll be able to run FI assays on various proteins at a miniaturized scale, which should fit really well with my pipeline of expressing and obtaining only small amounts for pilot experiments. In the afternoon, I ran some additional biochemical assays on the cyclic peptides with a postdoc, then left work early and went to Costco with Jongbin. I really need to get my diet back on track, too.

Friday, July 24

이제 UCSF의 HPC cluster였던 Wynton이 retire하는게 그리 오래 남지 않아서, CoreHPC로 전환을 진지하게 시작했고 거의 하루종일 다 쓴 것 같다.. 아직 stroage accesibility 문제때문에 완벽히 해결되지는 않았지만 사용할 수 있는 GPU가 훨씬 좋아져서 기대가 된다.

With Wynton, UCSF’s HPC cluster, not far from retirement, I started seriously transitioning to CoreHPC and think I spent pretty much the entire day on it.. It’s still not completely sorted out due to storage access issues, but the GPUs I can use are much better, so I’m looking forward to it.

Saturday, July 25

드디어 내일이 대회라, ib을 받으러 갔다. 난 예전까지 Bib이 단순히 종이쪼가리인줄 알았는데 (무지했다..) 알고보니 거기에 센서가 있어서 출발선 도착선에서 자동감지가 된단다! 대박.. Bib 수령하는 곳에서 여러 이벤트를 하고 있었는데, 저 pacer 지원하는 곳에 있었던 팻말이 참 멋있었다 ㅋㅋ 엄두가 안나는 기록들. 번호표를 들고 사진도 찍고 시간을 잘 보내다 왔다. 오후에는 Arizmendi Bakery (1268 Valencia St, San Francisco, CA 94110)로 가서 시나몬롤을 먹고 귀여운 소품샵인 Needles & Pens (1173 Valencia St, San Francisco, CA 94110)에 들려서 여자친구에게 줄 선물을 샀다. 서로를 닮은 인형을 각자 집에 두고있는데, 나는 왜인지 부시시한 삐약이 인형이라 머리에 꼽을 귀여운 무당벌레 핀을 같이 화상통화하면서 샀다. 요즘 세상이 엄청 좋아지고 있는데, 나중에는 아주 작은 소리로 말해도 통화하는 사람에게 선명하게 전달되는 화상통화 기능이 생겼으면 좋겠다 ㅎㅎ 아직까지는 버스나 이런곳에서 통화하기가 쉽지는 않다.

The race is finally tomorrow, so I went to pick up my bib. I used to think a bib was just a piece of paper (I had no idea…), but it turns out there’s a sensor in it that’s automatically detected at the start and finish lines! Amazing.. There were various events happening at the bib pickup venue, and the signs at the pacer sign-up area were really cool ㅋㅋ. Those finish times are way beyond what I can imagine attempting. I took a photo holding my race number and had a good time there. In the afternoon, I went to Arizmendi Bakery for a cinnamon roll, then stopped by a cute little shop called Needles & Pens to buy a gift for my girlfriend. We each keep a stuffed toy that looks like the other person at home. The one that represents me is, for some reason, a scruffy little chick, so while we were on a video call, I bought a cute ladybug hair clip to put in its hair. With how much better things are getting these days, I hope we’ll eventually have video calls where the other person can hear you clearly even when you speak very quietly ㅎㅎ. For now, it’s still not easy to have a call on a bus or somewhere like that.