Over and Over

Sunday, February 1

오늘 마지막으로 (적어도 당분간은) 요가를 다녀왔다. 할 때마다 몸이 정말 잘 풀리는 느낌이 들고 마음에 들었지만 이제 일요일에 장거리 러닝을 도저히 미룰 수가 없어서 결정했다.. 거의 항상 일요일 오전마다 같은 선생님 수업을 들었는데, 마지막으로 인사도 잘 드리고 나왔다. 얼떨결에 맨 앞 열에서 수업을 들어서인지 물구나무서는 걸 알려주셨는데 썩 좋지 않게 두 번이나 우당탕했다 ㅋㅋ… 하프마라톤이 끝나고는 아마 다시 다니게 되지 않을까 싶다. 종강? 기념으로 근처 식당에서 브런치를 먹었는데 아니 웬걸 내 생각보다 훨씬 맛있고 식당 자체도 엄청 깔끔해서 거의 이 정도면 샌프란시스코에서는 5/5점을 줄 수 있을 것 같다. 저 달걀 아보카도 토스트가 미친것 같다! 위치는 여기이니 16th Street Diner (3147 16th St, San Francisco, CA 94103) 근처에 맛있는 마차 카페도 있어서 한 번쯤 들려보는 걸 추천! (Stonemill Matcha 561 Valencia St, San Francisco, CA 94110) 요즘은 실험실 계속 가는 것 같긴 한데 또 열심히 나가서 일하고, 하루를 잘 마무리했다.

Today was my last yoga class, at least for a while. Every time I do yoga, my body feels so much relaxed and I really like it, but I finally decided I cannot keep postponing long runs on Sundays. I almost always took the same instructor’s class on Sunday mornings, so I said goodbye properly. Since I ended up in the very front row, she taught me how to do a handstand, and I crashed twice pretty badly😅 After I finish the half-marathon, I will probably come back. To celebrate the “end of the term,” I had brunch at a nearby place. Surprisingly, it was much better than I expected and the restaurant was super clean. Honestly, in San Francisco I would give it a 5/5. That egg avocado toast was insane. The place is 16th Street Diner (3147 16th St, San Francisco, CA 94103). There is also a good matcha café nearby, so I recommend stopping by at least once: Stonemill Matcha (561 Valencia St, San Francisco, CA 94110). Lately I feel like I am always going to the lab, but I went again, worked hard, and ended the day well.

Monday, February 2

아침에 gym을 갈 때 아직은 해가 나지 않아 아주 깜깜한데, 그래서 하루에 밤을 두 번 보게 된다. 오늘은 달이 정말 정말 크게 떠서 연거푸 사진을 찍게 됐다. (퇴근할 때는 믿을 수 없을 정도로 너무 컸다) 생각보다 TA 과제 채점이 시간을 많이 잡아먹기도 하고 질문이 많을 때도 있어서 확실히 실험에 쓸 수 있는 시간이 좀 줄어든다. 그러다 보니 저녁 늦게 퇴근할 때가 있는데, 오늘은 늦게 퇴근했음에도 드디어 내가 도입하고자 했던 protocol의 test 결과가 좋게 나와서 기분 좋게 하루를 마무리했다. 항상 연구실 분위기를 좋게 해주는 대학원생 친구의 생일도 있었는데, 로테이션하는 친구가 기특하게 케이크까지 직접 만들어다 주기도 하고 다들 기쁜 마음으로 축하해줬다. 나도 이것저것 많이 물어보고 도움을 받아왔는데, 항상 고맙고 오늘 하루 행복하게 보냈으면 좋겠다. 

When I go to the gym in the morning, it is still dark, so it feels like I see “night” twice every day. The moon was huge today, so I kept taking photos. It was unbelievably big when I left work. TA grading takes more time than I expected, and when there are lots of questions, it definitely cuts into my bench time. That sometimes pushes my work hours later, but today, even though I left late, I finally got a good result from the protocol I have been trying to introduce. I ended the day feeling good. It was also a labmate’s birthday. A rotating student thoughtfully baked a cake, and everyone celebrated with genuine happiness. I have asked this friend many questions and gotten a lot of help, so I am always grateful. I hope she had a happy day.

Tuesday, February 3

실험을 하다보면 전에는 분명 됐던 것 같은데 갑자기 안될 때가 종종 있고, 그때 참 당황스럽기 그지없다… 분명 내가 로테이션할 때만 해도 되었던 LC-MS Batch Processing이 갑자기 최근에 Desktop을 바꾸고, 시스템을 좀 바꾼 뒤에는 다들 안된단다. 아니 어떻게 이럴 수가 있지 라고 생각해서 GPT랑 말 그대로 온종일 씨름했는데 도저히 이겨내지를 못했다. 참나.. 일단 좀 더 troubleshooting을 해보고 다른 방식을 찾든지 해야겠다.

In experiments, something that definitely worked before can suddenly stop working, and it is unbelievably frustrating. LC-MS batch processing used to work when I was rotating, but after we changed desktops and adjusted the system, nobody can get it to run. I spent all day literally wrestling with it, including with GPT, and I still could not fix it. Seriously. I need to keep troubleshooting and maybe find a different approach.

솔직히 propriety한 workflow는 뭐 어떻게 보면 이해가 되면서도 참 야속하기도 하다. 요즘 나오는 좀 더 개선된 모델들을 쉽게 쓸 수 없다는 점에 더불어, 이런 기기들의 raw file은 왜 기본적인 응용프로그램으로 열리지 않는건지.. 왜 생각보다 과학이 그 연구실이 가질 수 있는 funding이나 영향력에 그 결과가 크게 좌지우지되는지 더 알 것 같고, 민주화?를 위해서는 정말 Open source가 중요하다 중요하다 하는지 점점 더 깨닫는 중. 

Proprietary workflows are understandable in some ways, but they are also cruel. We cannot easily use newer, improved models, and I still do not understand why instrument raw files cannot be opened with basic software. I also see more clearly how scientific progress can depend heavily on a lab’s funding and influence. It makes me understand why people keep saying open source matters, especially for democratization.

Wednesday, February 4

오늘 Bill과 미팅을 했는데, 솔직하게 지금 여러 연구 방향에 노력을 균등하게 열심히 쏟기는 좀 무리라고 말씀드렸다. Side Project도 늘어나서, 이건 뭐 내 학위 논문을 탐구하기도 벅찬데… TA에 Qual 준비에 요즘은 조금 벅차다는 생각이 들어서 조심스럽게 얘기를 꺼내봤는데. 다행히도 내가 집중하고 싶고, 해야 한다고 생각하고 싶은 부분에 동의해 주셨다. 정말 감사하다. 어제 멘토랑 했던 미팅에서 꼭 솔직하게 얘기하라고 해준 조언이 큰 도움이 됐다. 난 항상 내 상급자?가 뭘 시키면 일단 하자 (투덜거리더라도) 라는 생각이 좀 강했는데, 여기 오고부터는 다행히 좀 더 유연해진 것 같다. 물론 그렇다고 내 마음대로 까라지면 안 되겠지만.

I met with Bill today and told him honestly that it is unrealistic to push equally hard on multiple research directions right now. Side projects keep increasing, and I already feel stretched with my own thesis work, TA, and qual prep. I brought it up carefully, and thankfully he agreed on what I should focus on. I am really grateful. Advice from my mentor yesterday, to be honest and direct, helped me. I used to have a strong habit of “if my senior tells me to do something, I just do it,” even if I complain internally. Since coming here, I think I have become more flexible, which is good. Of course, that does not mean I can be careless.

오늘은 두 랩의 그룹미팅까지 미팅이 세 개에다가 TA까지 겹쳐서 뭐 말 그대로 끝나니 5시가 넘었다. 한두 시간 정도 어제 했었던 automation에 좀 더 매달려봤는데, 역시 잘 안되고 생각지 못한 새로운 문제도 터지고 참 정신이 없었다. 요즘 빨리빨리 해야 한다는 생각이 앞서서인지 내가 무슨 판단을 어떤 생각을 근거로 했는지 차분하게 전부 정리하는 시간이 별로 없었다는 생각이 든다. 다다음 주에 있을 내 그룹미팅이 끝나면 좀 속도를 억지로라도 줄여보려 한다.

Today I had three meetings, including group meetings in both labs, plus TA. By the time everything ended, it was already after 5. I spent another hour or two trying to fix the automation I worked on yesterday, but it still failed and new problems appeared. Lately I feel like I am rushing so much that I have not taken enough time to calmly write down what decisions I made and why. After my group meeting in two weeks, I want to force myself to slow down.

빡신 하루에도 소소한 즐거움이 있다면 연구실에 있는 한 학년 위의 대학원생 친구가 요즘 노래를 추천해 주는데 달리면서 들을 맛이 난다. 내가 락을 좋아하고 그 친구도 좋아해서인지 곡 추천에 열심히인데, 항상 반갑게 재치 있게 인사해 주는 것도 그렇고 참 고마운 친구이다. 일을 열심히 하기도 하고. 역시 사람 덕분에 힘을 얻어가는 건 확실한 것 같다. 

Even on a brutal day, there was a small joy: a third-year grad student in the lab has been recommending songs lately, and it makes running more fun. Maybe because I like rock and he does too, he is enthusiastic about recommendations. He also greets me with real humor every time, and he works hard. I really do get energy from people.

Thursday, February 5

오늘은 미팅도, 수업도 없는 날이라 이것저것 문제 해결에 집중했다. 여러 문제가 터지고는 있지만, 다행히 그게 아무것도 알아내지 못하는 그런 게 아니라 배울 수 있는 실패라 다행이라고 느끼고 있다. 일이 참 많다고 느껴도 어떻게든 요즘은 하루에 두 번 운동을 가야만 하는 거로 만들어놔서 생각보다는 잘 스트레스를 관리하면서 보내고 있는 듯하다. 

No meetings and no class today, so I focused on problem-solving. Many things are breaking, but at least these failures are “learning failures,” not dead ends, so I feel lucky. Even when it feels like there is too much to do, I have built my routine so that I train twice a day, and it seems to help me manage stress better than I expected.

Friday, February 6

새로 도입한 protocol을 이제 본격적으로 scale up을 해서 시작했다. 사실 8 designs으로만 진행했던 test run이 만족스럽게 끝났는데(그 자체로는) 그 결과를 어떻게 효율적으로 “분석”하느냐에서 여러 문제가 생겼었다. 그걸 계속 잡고 있다 보니 정작 실험이 엄청 밀려서 일단은 빨리 본격적으로 적용을 해보려고 결심했고, 같이 하면서 문제를 해결할 수 있을 거로 믿는다. 단백질 농도 결정만 해도 뭐 고려할 게 이렇게 많다니… 정말 몇백 년 이전에 유명했던 과학자들은 굉장히 여러 분야에 능통한 경우가 많은데 도대체 어떻게 했나 싶다. 

I started scaling up the new protocol for real. The test run with only eight designs ended satisfactorily, but I ran into issues with analyzing the results efficiently. While I was stuck on that, my actual experiments piled up. So I decided to just push forward and solve the analysis issues along the way. Even something as simple as determining protein concentration has so many considerations. Sometimes I wonder how famous scientists hundreds of years ago managed to be good at so many fields.

Saturday, February 7

기세 등등하게 이 해결책이면 통하겠지 하고 자신있게 시도했는데 그럼에도 안먹히고 이유를 모르겠다고 느낄때가 참 갑갑하긴하다. 생각해보면 난 이런 걸 썩 좋아하지 않는데 어쩌다가 항상 이런걸 직면할 수 밖에 없는 이곳까지 굴러오게됐냐를 생각해보면 썩 아주 납득할만한 답이 떠오르지는 않는다. 그래도 하고싶어하는 걸 할 수 있다는 자유가 삶에서 아주아주 중요한 부분인건 알겠다.

When I feel like “this solution will definitely work,” try it confidently, and it still fails for reasons I cannot explain, it is honestly suffocating. If I think about it, I do not even like this kind of uncertainty, so sometimes I wonder how I ended up in a place where I have to face it constantly. I do not get a perfectly convincing answer. Still, I do know the freedom to pursue what I want is a huge part of my life.

오늘은 4주마다 머리를 자르러 가는 날이라 역시나 An과 함께 차이나타운에 갔다. 최대한 새로운 음식점을 시도하는데, 아 추천받고 간 곳임에도 썩 맛있지가 않았다ㅠㅠ 여기는 2점만 주는걸로. 이 친구가 나랑 굉장히 비슷한 연구를 하게 되는것으로 결정됐는데 그래서 그런지 엄청 이것저것 얘기를 하게되었다. 지금 생각해보면 공동연구처럼 처음부터 프레임을 잡고 같이 해도 될것같은데, 이게 둘 다 thesis에 직접 연관이 된거다보니 어떻게 해야할지 확신이 없긴하다. 뭐 어찌되었든 대학원에 같은 프로그램이라해도 전혀 다르다 말 할 수 있을 정도의 연구를 각자 하고있는 경우가 많은데, 같은 방향을 바라보고 의견을 나눌 수 있는 기회가 생긴것같아 좋았다. 작년 처음 QBC retreat을 갔을때 했던 얘기처럼 둘 다 술술 잘풀려서 행복하게 졸업하기를. 

Today was haircut day, which happens every four weeks, so I went to Chinatown with An as usual. We tried a new restaurant (Cafe New Honolulu; 888 Stockton St, San Francisco, CA 94108), but even though it was recommended, it was not good at all. I would give it a 2/5. An decided to work on research that is similar to mine, so we talked a lot. In theory, it almost feels like we could frame it as a collaboration from the start, but since it is directly tied to both of our theses, I am not fully sure how to handle that. Either way, even within the same program, people can be doing completely different research, so I am happy we now have a chance to share opinions while looking in the same direction. Like we said at our first QBC retreat last year, I hope both of us can have things go smoothly and graduate happily.