My RIPS Talk
Sunday, May 10
10마일. 종빈이와 또 잘 뛰고, 같이 코스트코에 가기 전에 Ben Tre Restaurant(398 Grand Ave, South San Francisco, CA 94080) 라는 베트남 음식점에 갔다. 종빈이가 베트남에서 살다 와서 베트남 음식에 대해서 빠삭한데 여기를 추천해줬다. 와.. 여기가 내 기준으로는 지금까지 미국에서 먹어본 베트남 음식점 중 가히 최고라고 할 수 있겠다. South San Francisco라 좀 멀긴 한데 갈 수만 있다면.. 추천! 코스트코에는 성분이 미친 우유가 나와서 당장 샀다.. 앞으로는 이걸 쭉 먹을 것 같은🙂
10 miles. I had another good run with Jongbin, and before going to Costco together, we went to a Vietnamese restaurant called Ben Tre on Jongbin’s recommendation. Since Jongbin lived in Vietnam, he knows a lot about the food, and wow.. I think this might be the best Vietnamese restaurant I have tried in the U.S. so far. It is a bit far because it is in South San Francisco, but if you can go.. highly recommended! At Costco, I found milk with an insane nutrition profile, so I bought it right away.. I think I will keep drinking this from now on!!
Monday, May 11
이제 본격적으로 자격시험을 준비하며 받았던 피드백을 반영하려고 노력 중이다. 처음부터 proposal을 다시 써야 할 수 있을 것 같은 느낌이 들긴 하는데 흐으.. 그리고 Shokat Lab 홈페이지 관리하는 것까지, 웬 PDF accessibility issue가 생겨서 꽤나 여러 부서랑 얘기하느라 시간을 많이 쏟고 있다. 잡다한 일은 후다닥 빨리 끝내버리고 싶다 증말… 오후에는 CCB 동기인 Ben의 자격시험 practice talk에 참여했다. 이제 한 달만 더 지나면 대부분의 친구들이 자격시험을 끝낸다. 거의 2년 가까이 됐다는 게 믿기지가 않네. 블로그도 좀 쓰고, 이제 곧 부모님이 오셔서 레스토랑도 예약을 시작했고 일정을 좀 더 손봤다! 정말 얼마 안 남았다 ㅎㅎ
Now I am seriously trying to reflect the feedback I received while preparing for the qualifying exam. I have a feeling that I may need to rewrite the proposal from the beginning ㅎㅎ.. On top of that, while managing the Shokat Lab website, some PDF accessibility issues came up, so I have been spending a lot of time talking with several departments. I really want to quickly finish these miscellaneous tasks. In the afternoon, I attended the qualifying exam practice talk of my CCB classmate Ben. In just one more month, most of my friends will be done with their qualifying exams. I cannot believe it has been almost two years. I also wrote some blog posts, started making restaurant reservations because my parents are coming soon, and adjusted the itinerary a bit more! It is really coming up soon ㅎㅎ
Tuesday, May 12
오늘은 Kortemme Lab의 대학원생이 내가 수정해서 재현에 성공한 어떤 프로토콜에 대해서 물어볼 게 있다고 해서 만나서 얘기를 나누고, 내 멘토인 Maggie와 미팅을 했다. 사실 금요일에 꽤나 큰 발표가 있어서 (내가 좋아하는 CCB Research in Progress 수업) 열심히 슬라이드를 준비하고 있는데, 전체적으로 흐름이 어떤지 같이 봐줬다. 저번 주에 accept된 논문에 대해서 발표할 건데, 사실 이걸 누군가에게 제대로 자세히 설명한 적이 없다는 걸 깨달아서 생각보다 고생 중이다 ㅎㅎ Open access로 하긴 했는데 아마 금요일까지 publish되지는 않을 것 같다. 내일은 DeGrado Lab에서 journal club 발표도 있어서 이것까지 알차게 준비하고, Josh와 새로 시작한 side project를 나름 치열하게 생각하다가 좀 늦게 잤다.
Today, a graduate student from the Kortemme Lab wanted to ask me about a protocol that I modified and successfully reproduced, so we met and talked. I also had a meeting with my mentor Maggie. I have a pretty big presentation on Friday for CCB Research in Progress, one of my favorite classes, so I have been working hard on the slides, and she looked over the overall flow with me. I will be presenting the paper that was accepted last week, but I realized that I have never really explained it to someone in detail, so it has been harder than I expected. It will be open access, but I do not think it will be published by Friday. Tomorrow, I also have a journal club presentation in the DeGrado Lab, so I prepared that as well, and then I stayed up a bit late thinking pretty intensely about a new side project with Josh.
Wednesday, May 13
오늘은 Bill이 영국에서 방문교수로 갔을 때 알게 된 캠브릿지 교수님이 “Engineering the Folding and Function of Tandem-Repeat Proteins” seminar를 해주셨다. 강연 후반에 TPD에 관한 application도 나와서 흥미롭게 들었는데, 한편으로는 역시나 중요한 문제에는 수많은 사람들이 달려들고 있다는 걸 다시 한번 느낀 시간이기도 했다.. 하지만 뭐 경쟁이 치열하다고 해도 학위논문 주제로 중요한 문제에 시간을 쏟아야 한다는 것은 절대 타협할 수 없는 것이라고 생각한다. 세상엔 참 많은 문제들이 있는데 중요한 것에 집중하기도 시간이 없다. 점심에는 오랜만에 김박사님과 식사를 했다. 저번에 자격시험 통과한 기념으로 맛있는 한식을 사주셔서, Moshi Moshi에서 점심을 사드리며 요즘 걱정되는 얘기를 했다. 박사님도 논문을 여럿 마무리하고 계신데, 잘 풀려서 원하는 자리로 한국에 들어가시길 바라본다! Journal club은 아쉽게도 준비는 했는데 발표가 한 차례 밀려서 못했고, 집에 와서는 계속 금요일 발표 준비를 했다.
Today, a professor from Cambridge, whom Bill probably got to know when he was a visiting professor in the UK, gave a seminar titled “Engineering the Folding and Function of Tandem-Repeat Proteins.” In the later part of the talk, there was also an application related to TPD, so I listened with great interest. At the same time, it made me realize once again that many people are always rushing toward important problems.. But even if the competition is intense, I think one thing I absolutely cannot compromise on is that a PhD thesis should address an important problem. There are so many problems in the world, and there is not even enough time to focus on the important ones. For lunch, I ate with Dr. Kim for the first time in a while. Since he treated me to delicious Korean food last time to celebrate my passing the qualifying exam, I treated him to lunch at Moshi Moshi and talked about some things I have been worried about recently. He is also wrapping up several papers, and I hope everything goes well so he can return to Korea for the position he wants! Unfortunately, although I had prepared for journal club, my presentation was pushed back, so I could not present. After coming home, I continued preparing for Friday’s presentation.
Thursday, May 14
오늘은 Shokat Lab에 있는 Rodrigo라는 포닥 (항상 아침에 gym에서 본다 ㅎㅎ)과 과학 얘기를 한 시간 정도 한 것 이외에는 정말 계속 발표 준비를 했다. 논문을 다 쓰고 accept까지 된 거지만, 역시 굉장히 다른 배경지식을 갖고 있는 여러 사람들 앞에서 발표하는 건 참 쉽지 않은 일이다. 또 여러 교수님들이 참석하시는 중요한 발표라 긴장되기도 한다.. 부디 잘 마치길.
Today, other than talking about science for about an hour with a postdoc in the Shokat Lab named Rodrigo, whom I always see at the gym in the morning, I really just kept preparing for the presentation. Even though the paper is fully written and already accepted, presenting it to many people with very different backgrounds is still not easy. Also, since several professors will be attending, it feels important and makes me nervous.. I hope it goes well.
Friday, May 15
음.. 나름 만족스럽게 잘 끝낸 것 같다. 내 논문이 참 애증이 섞인 게, 내 전문 분야가 전혀 아니었기에 부족한 점이 많은 것도 맞지만, 논문을 준비하고 accept까지 가는 그 기간에 더 좋은 모델들이 아주 많이 나와서 기존 모델의 단점을 상당 부분 해결할 수 있게 된 것. 그래서 내가 논문에서 사용한 모델의 장점을 강력하게 피력하기가 매우 어려워졌다 ㅎㅎ 역시 질문도 많이 받았고, 실제로 난 더 이상 이 모델을 쓰지 않기도 한다. 정말 완전 100% computation인 연구는 얼마나 휙휙 변하고, 그걸 따라가는 데 얼마나 고생을 해야 할까… 대단하다. 발표를 잘 끝내고 오랜만에 친구들과 날 좋은데 밖에서 점심을 먹고, 4시에 Bill과 미팅 준비를 했다. Cyclic peptide와 관련한 side project가 생겨서 (참 많다..), 논문을 여럿 읽어보고 있고, 드디어 RFpeptide를 독파했다. 이런 model development paper를 보면 model architecture에 대한 깊은 이해가 있다면 얼마나 좋을까라는 생각이 드는 건 사실이다. 뭔가 좀 궤도에 오르면 깊게 정말 파볼 예정. Bill과 미팅은 아주 순조롭게 잘 되었다. 내가 자격시험을 통과한 뒤 처음 갖는 1:1인데 정말 과분할 정도로 칭찬을 많이 해주셨다. 방향을 다시 잡아가는 것도 전폭적으로 지지해주시는 느낌. Thesis committee도 잘 정해진 것 같다. 이렇게까지 supportive한 PI, mentor와 함께 좋은 환경에서 연구한다는 게 가끔 믿기지 않는데, 항상 감사하며 살게 되는 그런 환경이다. Kevan과도 빨리 만나야지!
Hmm.. I think it went pretty well overall. I have such mixed feelings about my paper. On one hand, it was not my area of expertise at all, so it definitely has many limitations. On the other hand, during the time between preparing the paper and getting it accepted, many better models came out that can solve a large part of those limitations. Because of that, it has become very difficult to strongly defend and emphasize the advantages of the model I used in the paper. As expected, I received many questions, and in fact, I do not even use that model anymore. For something that is truly 100% computational, it is amazing how quickly things change and how hard it must be to keep up… impressive. After finishing the presentation well, I had lunch outside with friends for the first time in a while because the weather was nice, then I prepared for my meeting with Bill at 4. Since a new side project related to cyclic peptides came up (so many side projects…), I have been reading several papers and finally worked through RFpeptide. Whenever I read these model development papers, I honestly think about how nice it would be to have a deeper understanding of model architecture. Once things get a bit more settled, I plan to dig into it properly. My meeting with Bill went very smoothly. It was my first one-on-one meeting with him after passing the qualifying exam, and he gave me so much praise that it almost felt undeserved. I also felt that he fully supports me as I redefine my direction. My thesis committee has also been decided well. Sometimes it is hard to believe that I get to do research in such a good environment with such supportive PIs and mentors, and it is the kind of environment that makes me live with gratitude. I should meet Kevan soon too!
Saturday, May 16
내일이면 드디어 부모님이 오신다! 오늘은 집 청소를 깔끔하게 하고, 운동하고, 시간이 되어서 머리를 자른 후 일정을 최종 점검했다. 일은 따로 하지 않았는데, Shokat Lab webpage issue도 잘 해결해서 담당자에게 report했다. 부모님과 누나 이렇게 셋이 오는데, 내일부터 25일까지 일주일 좀 넘게 있을 예정. 모두 처음 미국에 오는 건데 행복한 시간을 보낼 수 있도록 잘 노력해보겠다!
Tomorrow, my parents are finally coming! Today, I cleaned the house thoroughly, worked out, and since I had time, got a haircut before doing a final check of the itinerary. I did not do any separate research, but I resolved the Shokat Lab webpage issue and reported it to the person in charge. My parents and my sister are coming, so three people in total, and they will stay for a little over a week from tomorrow until the 25th. It is everyone’s first time coming to the U.S., so I will do my best to help them have a happy time!
