Keep Digging

Sunday, May 31

모닝 커피! Hedge Coffee (434 Shotwell St, San Francisco, CA 94110)라는 꽤나 인기 있는 카페에 가봤다. 사람이 많긴 했는데, 운 좋게 자리를 딱 잡아서 편안히 사람 구경하며 시간을 보냈다. 신기한 건 DJ가 있다는 건데, 개방감도 좋고 커피 맛도 나쁘지 않아서 왜 Beli에서 인기가 많은지 알 것만 같았다. 점심으로는 드디어 샌프란에서 가장 유명하다면 유명할 수 있다는 타코집인 La Taqueria (2889 Mission St, San Francisco, CA 94110)에 갔다. 날이 좋아서 그런지 30분 정도 기다리는 건 아무렇지도 않았고, 오히려 좋았던 것이 시간이 딱 맞아서 바로 눈앞에서 공연을 볼 수 있기도 했다. 타코랑 브리또도 괜찮았는데, 특히 양지머리로 고기를 선택 하니까 더 맛있었던 것 같기도!

Morning coffee! I went to a pretty popular cafe called Hedge Coffee. It was crowded, but luckily I found a seat and spent some time comfortably people-watching. What was interesting was that they had a DJ. The space felt open, and the coffee was not bad either, so I could see why it is popular on Beli. For lunch, we finally went to La Taqueria, which might be one of the most famous taco places in San Francisco. Maybe because the weather was nice, waiting for about 30 minutes did not bother me at all. It was actually nice because the timing worked out perfectly, and I got to watch a performance right in front of me. The tacos and burrito were good, and I think using brisket made the meat especially tasty!

오후에는 푹 쉬고 한 시간을 뛰었는데, 확실히 처음 시작할 때에 비하면 많이 발전했다는 뿌듯함이 든다. 이렇게 한 번만 더 뛰면 무난하게 2시간 이내로 들어올 텐데 흐음… 약 2개월 정도 남았으니 잘할 수 있을 거라 믿는다! 남은 시간에는 역시 아이디어를 빨리 develop하기 위해서 일을 좀 했다.

In the afternoon, I rested well and ran for an hour. Compared to when I first started, I can definitely feel proud of how much I have improved. If I can run like this just one more time, I should be able to finish under two hours without too much trouble, hmm… There are still about two months left, so I believe I can do well! During the remaining time, I also worked a bit to develop my ideas quickly.

Monday, June 1

오전에 랩 미팅을 마치고는 정말 쭉 논문 읽고 자료 조사…! 다행히 저녁쯤엔 Bill이 내가 저번 주에 보낸 미팅 슬라이드에 대해 긍정적인 코멘트를 줘서, 다음 주 10일에 있는 joint meeting에서 분명 결론이 잘 날 것 같은 기대가 된다.

After finishing lab meeting in the morning, I really just kept reading papers and doing background research…! Thankfully, around the evening, Bill gave positive comments on the meeting slides I had sent last week, so I am hopeful that we will be able to reach a good conclusion at the joint meeting on the 10th next week.

Tuesday, June 2

Maggie와 오전에 미팅을 했는데 (이제 자격시험이 끝나서 격주마다 본다), Kevan과 상의한 아이디어를 좋게 봐줘서 이 부분을 조금 더 보완해서 joint meeting 때 가져가 논의해보기로 했다. 곧바로는 Shokat Lab 대학원생과 미팅을 했는데, 사실 저번 주에 생겼던 idea를 바탕으로 새로운 side project를 만들 수 있지 않을까 싶어서였다. 흥미로운 방향이 될 것 같긴 한데.. 지금 내 연구 주제도 명확히 정해진 상황이 아니라 당장 몰두해서 하기는 힘들 듯. 그래도 여러 방면으로 내가 배운 것을 활용할 기회가 생겨나는 것 자체가 고무적이고 기쁘다.

I had a meeting with Maggie in the morning, and now that the qualifying exam is over, we meet every other week. She liked the idea I had discussed with Kevan, so I decided to refine it a bit more and bring it to the joint meeting for discussion. Right after that, I had a meeting with a graduate student in the Shokat Lab because I thought we might be able to ㄴ a new side project based on the idea that came up last week. It seems like it could become an interesting direction.. but since my own research topic is not clearly settled yet, it would be hard to fully dive into it right away. Still, it is encouraging and exciting that opportunities are coming up in different directions where I can apply what I have learned.

오늘은 큰 결정을 여러 개 했다. 첫째로는 내가 가장 먼저 랩에 들어와서 상당한 시간을 쏟은 프로젝트를 완전히 접기로 한 것 (불과 2-3개월 전 문제점을 발견하기 전까지 많은 시간을 쓴 프로젝트의 한 방향). 참 아쉽긴 한데, 사실 더 중요한 문제에 시간을 쏟는 게 맞다고 생각하기도 하고, 프로젝트가 완전히 바뀌었으니 이제 보내주기로 했다.. 그 과정에서 많은 것을 배웠기에, 실질적인 결과물이 다 날아간다는 사실을 뼈아프게 생각하지는 않기로 했다. 두 번째로는 Josh와 좀 논의를 한 후 나름 치열하게 생각해본 다른 side project를 접기로 했다. 공동 연구하는 곳에서 유의미한 결과를 뽑아낸 상황인데다 그렇다고 아직 내가 시간을 많이 쏟지는 않았고, 쏟는다고 더 좋은 방향으로 갈 확신도 없기에 지금은 잠시 미뤄두는 게 나을 것 같다고 결론 내렸고 잘 마무리했다. 셋째는 Wynton HPC에서 벗어나 GPU 대여 platform인 Lambda를 setup한 것. Wynton이 먹통이 될 때마다 (우리 랩은 dedicated GPU가 없어서 priority가 없다), 그냥 다른 것에 집중하곤 했었는데, 지금은 막 디자인을 적극적으로 해야 할 때라 시도해봤고 아주 편하고 좋다. 빵빵하게 하고 싶은 걸 지원해줄 수 있는 랩에 있다는 건 참 행복한 일임을 다시 느낀다🙂

Today, I made several big decisions. First, I decided to completely stop working on the project that I had spent a considerable amount of time on after first joining the lab, or at least one direction of that project that I had worked on a lot before finding a problem 2-3 months ago. It is definitely disappointing, but I also think it is right to spend time on more important problems, and since the project has changed completely, I decided to let it go.. I learned a lot from that process, so I decided not to think of it as a painful loss of practical results. Second, after discussing with Josh and thinking pretty hard about another side project, I decided to pause that one too. It seems like the collaborating group has obtained meaningful results, and I have not spent too much time on it yet. I also do not have confidence that spending more time would necessarily lead to a better direction, so I concluded that it would be better to put it aside for now, and we wrapped it up well. Third, I moved away from Wynton HPC and set up Lambda, a GPU rental platform. Whenever Wynton went down, since our lab does not have a dedicated GPU and therefore has no priority, I would usually just focus on something else. But now is the time when I need to actively do design work, so I tried it, and it is very convenient and nice. I once again felt how fortunate I am to be in a lab that can strongly support what I want to do🙂

Wednesday, June 3

역시 하루 종일 design에 매달리고, 오후에 Shokat Lab group meeting에 갔다가 정신없이 DeGrado Lab에 뛰어가서 (최근에 미팅이 3-5시, 4-6시로 겹쳤다..) 저번에 밀렸던 journal club 발표를 했다. 흐 뭔가 풀려가는 것 같기도 하면서, 생각보다는 어려운 게 역시 쉽지 않다. 너무 시간을 와다다 쏟고 싶지 않은 게, 10일에 일단 joint meeting을 해야 logistics가 딱 정리될 것 같기 때문인데.. 그럼에도 일단 가능성을 보여주는 결과를 들고 가면 좋을 것 같아서 빡 집중하고 있긴 하다. 저녁에 언제나처럼 운동을 갔는데, 아니 무슨 화재 경보 때문에 건물 자체가 폐쇄되어서 못 갔고, 그냥 집에 가서 일했다 ㅎㅎ

As expected, I spent the whole day working on design. In the afternoon, I went to the Shokat Lab group meeting, then rushed over to the DeGrado Lab in a hurry because the meetings have recently been overlapping from 3-5 and 4-6.. and gave the journal club presentation that had been postponed before. Hmm, it feels like things are starting to work out, but at the same time, it is harder than I expected, so it is definitely not easy. I do not want to pour too much time into it all at once because I think the logistics will only be clearly settled after the joint meeting on the 10th.. Still, I think it would be good to bring results that show some possibility, so I am focusing intensely for now. In the evening, I went to work out as usual, but because of a fire alarm, the whole building was closed, so I could not go and just went home to work instead😳

Thursday, June 4

오늘도 하루 종일 하나에만 매달렸는데, 생각보다 현재 나와 있는 모델로는 내가 원하는 걸 정확하게 구현하기 어려울 수 있다는 생각이 팍 든 하루였다. 뭔가 다른 방법을 찾아야 할 것 같은데.. 일단 model architecture도 공부하면서, 혹시 다른 side project에도 내가 지금 알게 된 것을 쓸 수 있지 않을까 고민을 많이 했다.

Today, I spent the entire day focused on just one thing again, and I also strongly felt that it might be difficult to implement exactly what I want with the models currently available. I think I may need to find a different method.. For now, I am studying the model architecture and also thinking a lot about whether what I am learning now could be useful for other side projects.

Friday, June 5

일이 썩 잘 풀리지가 않는다. 열심히 이것저것 해본 결과, 역시 한 번에 원하는 디자인을 얻는 건 현실적으로 힘들다고 결론이 났고, 두 단계로 쪼개는 방안으로 시도해보고 있다. 오늘은 이번 쿼터 마지막 RIPS 수업이 있는데, 전통적으로 신입생 친구들 전부가 5분 내외의 짧은 시간 동안 한 연구실의 rotation 결과를 발표하는 flash talk 시간이었다. 참 같은 program인데 모두가 각자 다른, 의미 있는 일을 찾아 노력하는 모습이 (우리 때도 느꼈지만) 신기하기만 하다. 덩달아 내 것도 더 열심히 하고 싶어지는 자극을 받는 시간이었다. 아 그리고 곧 졸업하는 DeGrado Lab 대학원생 친구가 UCSF 모양 비즈..?를 퀄 통과한 기념으로 손수 만들어 선물해줬다, 예쁘다!

Things are not going that smoothly. After trying many different things, I concluded that realistically it is difficult to get the design I want in one shot, so I am now trying to split it into two steps. Today was the last RIPS class of the quarter, and traditionally, it was the flash talk session where all the first-year students present the results of one rotation in about five minutes. Even though we are all in the same program, it is always fascinating to see everyone trying to find their own different and meaningful work, something I also felt during our year. It was a motivating time that made me want to work harder on my own project too. Oh and a DeGrado Lab graduate student who is graduating soon gave me a UCSF-shaped bead..? as a gift to celebrate my passing the qual, and it is pretty!

오후에는 사실 부모님이 오셨을 때 틈틈이 결과를 냈던 cyclic peptide design side project를 간단하게 정리해서 Patrick과 미팅을 했는데, 내 연구 주제가 본격적으로 정해진 후 시간날 때 몇 가지만 더 확인한 후 후보군들을 실제로 주문해서 테스트해볼 수 있을 것 같다. 신난다! 퇴근하고는 Little Italy에 있는 Golden Boy Pizza (542 Green St, San Francisco, CA 94133)에 들러 간단하게 저녁을 먹고 (부모님 오셨을 때도 갔는데 참 맛나다 ㅎㅎ), Caffe Greco (423 Columbus Ave, San Francisco, CA 94133)에서 아주 여유롭게 시간을 보냈다. 사장님이 아주 친절하셔서 기억에 남는데, 이 거리 카페들은 현금만 받는 경우가 꽤나 있는 것 같으니 혹시 갈 일이 생기면 참고하길 바란다 (젤라또 추천!). 정말 다른 사람 신경 쓰지 않고 편안하게 책을 읽는 사람도 있고, 뭘 적는 사람도 있고… 참 여유로운 금요일 저녁이었다.

In the afternoon, I had a meeting with Patrick after briefly organizing the results from the cyclic peptide design side project that I had been working on. Once my main research topic is officially settled, I think we may be able to check just a few more things and then actually order and test the candidates. Exciting! After work, I stopped by Golden Boy Pizza in Little Italy for a simple dinner, I also went there when my parents visited, and it is really good. Then we spent a very relaxed time at Caffe Greco. The owner was very kind, so it left an impression on me. It seems like quite a few cafes on this street only accept cash, so keep that in mind if you ever go there, and I recommend the gelato! There were people comfortably reading books without caring about others, people writing things down… It was a very relaxed Friday evening.

Saturday, June 6

아.. 결국 helicon은 여러 가지 지금까지 시도한 결과에 근거하여 접는 걸로 하고, 다른 modality를 이용하기로 했다. 일주일 넘게 매달린 것 같은데 좀 허무하긴 하지만, 빨리 한계를 명확히 했다는 점에서 마냥 슬프지만은 않다. 또 10일에 있을 joint meeting에 공유할 부분도 늘었고. 일 얘기는 그만하고! 오늘 드디어 R & G Lounge (631 Kearny St, San Francisco, CA 94108)에 가봤다. Z & Y를 포함해서 차이나타운 근처 음식점들을 꽤나 갔는데, 이 유명한 곳을 샌프란에 온 지 거의 2년이 다 되어가서야 시도해보다니! 시그니처인 Salt and Pepper Crab은 후회하지 않을 양과 맛이었고, 전체적으로 괜찮았다! 요즘 참 주말마다 맛있는 곳을 잘 다니니 행복하다 ㅎㅎ.. Saint Frank Coffee (2340 Polk St, San Francisco, CA 94109)에서 여유롭게 커피를 마시고 돌아와서는 쭉 일을 하고 하루를 잘 마무리했다.

Ah.. In the end, based on the various results I have tried so far, I decided to drop the helicon direction and use a different modality. I feel a bit empty because I think I spent more than a week on it, but I am not purely sad because I was able to clarify its limitations quickly. Also, now I have more things to share at the joint meeting on the 10th. Enough work talk! Today, I finally went to R & G Lounge. I have been to quite a few restaurants near Chinatown, including Z & Y, but I haven’t tried this famous place for almost 2 years since coming to San Francisco! Their signature Salt and Pepper Crab had a satisfying portion and taste, and overall it was good! I am happy that I have been going to many good places on weekends these days ㅎㅎ.. After drinking coffee leisurely at Saint Frank Coffee, I came back, worked for a while, and wrapped up the day well.