Clear Pass🎉

Sunday, April 26

내일이 대망의 시험이라 오늘은 러닝을 쉬고 준비에 집중했다. 저녁 먹고는 내일 시험을 보는 장소로 가서, 미리 여러 차례 수정하며 board를 최종 완성했다. 노력한 만큼 다 쏟아내고 왔으면.

Since tomorrow is finally the big exam, I skipped running today and focused on preparing. After dinner, I went to the room where I will take the exam tomorrow and finalized my board after revising it several times. I hope I can pour out everything I have worked for.

Monday, April 27

Pass! 너무 집중해서인지 사실 시간이 어떻게 지났는지도 모르겠다. “clear passing with flying colors”라는 칭찬도 듣고, 참 감격스러운 순간이었다. 이제 쫓겨날 일은 정말 없고, 내 연구에 매진할 수 있다니… 행복하다. 허나 뭐랄까 모든 게 해방된 느낌은 아닌 게, 이제 본격적으로 달리고 싶은 마음이 가득한데 아직 “확실”하게 뭘 우선시해야 할지 정해지지 않았기 때문. 그래서 여러 사람들의 축하를 받으면서도 뭐랄까 크게 달라진 건 없었다 솔직하게 ㅋㅋㅋ.. 그래도 평온한 마음으로 내용 정리 좀 하다가, 간단하게 좋은 날에 밖에서 파이로 점심을 먹었다. 이후엔 subgroup meeting에 참석하고, 뒤에 있는 세미나까지 알차게 듣고 운동까지 잘 다녀왔다. 나도 나름대로 생각을 정리한 후 빨리 Bill과 Kevan을 만나봐야겠다.

Pass! I was so focused that I honestly do not even know how the time passed. I even received the compliment that it was a “clear passing with flying colors,” and it was such a moving moment. Now I really do not have to worry about being kicked out, and I can fully focus on my research… I am happy. But somehow, it does not feel like everything has been completely released, because I am full of desire to really start running now, but I still have not “clearly” decided what I should prioritize. So even while receiving congratulations from many people, honestly, it did not feel like something had dramatically changed.. Still, with a peaceful mind, I organized my thoughts a bit and had a simple lunch outside with pie on this good day. After that, I attended a subgroup meeting, stayed for the seminar afterward, and even went to the gym. I should organize my thoughts on my own and meet Bill and Kevan soon.

Tuesday, April 28

오늘은 Maggie와 오랜만에 미팅을 했고, 앞으로 뭘 해야 할지 여러 방향성에 대해 얘기를 해봤다. Maggie가 하고 있는 프로젝트와 어찌 보면 닮아 있는 부분도 있어서, 최대한 겹치지 않게 하려고 노력해봐야 할 것 같다. 내가 첫 protein design pipeline을 짠 게 거의 6개월이 다 되어가는데, 이 반년 동안 수많은 것들이 튀어나와서 시도해봐야 할 것들이 많이 늘었다. 그래도 end user로서는 행복한 고민이라고 믿는다. 열심히 논문을 읽고 공부하며 아이디어를 만들며 하루를 끝냈고, 저녁에는 DeGrado Lab의 김박사님과 (아마 저녁은 처음인 듯하다🤔), 저녁을 먹으러 갔다. 감사하게도 맛있는 한식집 (이름이 특이하다; 707 Sutter, 707 Sutter St, San Francisco, CA 94109)를 소개해주시고 밥도 사주셔서 (항상 잘 챙겨주신다 ㅠㅠ), 몸 둘 바를 몰랐달까.. 이번에 자격시험 준비하면서 항상 열린 마음으로 연구에 대해 얘기를 들어주시고 의견을 주셔서 정말 큰 도움을 받았다 (감사합니다). 아주 배부르고 맛있게 잘 먹고, 푹 쉰 하루.

Today, I had a meeting with Maggie for the first time in a while, and we talked about several possible directions for what I should do next. Some parts are somewhat similar to Maggie’s project, so I think I will need to avoid as much overlap as possible. It has been almost six months since I built my first protein design pipeline, and during this half year, so many new things have come out that the number of things I want to try has increased a lot. Still, as an end user, I believe this is a happy dilemma. I ended the day by reading papers, studying, and developing ideas. In the evening, I went to dinner with Dr. Kim from the DeGrado Lab, probably for the first time. Thankfully, he introduced me to a delicious Korean restaurant, with a unique name, 707 Sutter, 707 Sutter St, San Francisco, CA 94109, and even treated me to dinner. He takes such good care of me, and I have received so much from him, so I almost did not know how to respond.. While I was preparing for the qualifying exam, he always listened to my research ideas with an open mind and gave me thoughtful feedback, which helped me tremendously. Thank you. I ate very well, got very full, and had a restful day.

Wednesday, April 29

오늘은 visiting scholar로 온 친구의 마지막 DGL group meeting이 있었다. 벌써 반년이 넘었다는 게 믿기지 않을 정도인데, 재미있게 잘 연구를 한 것을 보니 다시 돌아가서도 쭉 연구를 잘 이어나갈 수 있을 거라 믿는다. 점심은 조박사님이 사주셨는데, 퀄 통과한 것과 더불어 잠깐 포닥으로 계신 한국인 박사님이 취직을 하셔서! 축하 기념으로 쏘셨다. Burma Love (151 Warriors Wy suite 105, San Francisco, CA 94158)라는 Chase Center 바로 옆 Asian 식당인데, 생각보다 저 샐러드가 맛있었다. 전반적으로는 2.5/5점 정도..? 오후에는 내가 전에 했던 디자인을 filter해서 최종 12개를 골랐고, 조금 더 후보군을 얻을 수 있게 filter를 통과하지 못한 디자인을 다시 redesign하는 알고리즘을 짜고 설치를 했다. 내가 사용하고자 하는 방향으로서의 예시는 없어서 확실히 잘 통할지는 모르겠는데, 논문에 의하면 강점이 확실한 건 맞기에 믿고 사용해보려 한다 ㅎㅎ.. 또 thesis idea에 대해서도 쭉 생각하니 하루가 너무 순식간에 지나갔다. 저녁에는 An과 Sophie의 practice talk이 있어서 참석하고, 확실히 연구 얘기를 듣는 건 언제나 흥미롭다. 아마 내용이 너무 다르지는 않아서 그런 걸 수도, 하루를 잘 마무리했다.

Today, we had the final DGL group meeting for a friend who came as a visiting scholar. It is hard to believe that more than half a year has already passed, but seeing how much fun she had doing research makes me believe that she will continue doing great research after she goes back. Jo bought us lunch, both to celebrate my passing the qual and because a Korean postdoc who is here briefly also got a job! We went to Burma Love, 151 Warriors Wy suite 105, San Francisco, CA 94158, an Asian restaurant right next to Chase Center. The salad was better than I expected. Overall, maybe around 2.5/5..? In the afternoon, I filtered the designs I had made before and selected the final 12. I also wrote and installed an algorithm to redesign the designs that did not pass the filter so I can get a few more candidates. There is no exact example for the way I want to use it, so I am not sure if it will work well, but according to the paper, its strengths are clear, so I will trust it and try using it. I also kept thinking about thesis ideas, and the day passed so quickly. In the evening, I attended An and Sophie’s practice talks. Listening to people talk about research is always interesting. Maybe it is because the topics are not too different from mine. It was a good way to wrap up the day.

Thursday, April 30

어찌 매주 목요일마다 가는 것 같은데 ㅋㅋ 오늘도 종빈이와 윤서 누나와 함께 일을 하러 갔다 (이번엔 Timber + Tide로 바로). 점심 짱맛. 계속 일을 하고 싶어서 미뤄왔던 잡다한 것들을 정리했다. 오늘 첫 task는 세금이었다. 분명 federal tax return은 수신 확인이 되어서 나에게 실물 확인증이 우편으로 왔었는데, state tax return은 안 왔었다. 계속 미루다가 오늘 보니까, 아니? USPS에서 확인해보니 3월 22일에 tracking이 멈춘 게 아닌가? 거의 2,600불 정도 환급받을 수 있는 걸로 예측됐었는데 당황스럽기 그지없었다. 그래서 일단 우편 분실 신고를 하고 California FTB에 연락해봤으나 전화나 chat도 되지 않아서 멘탈이 갈리는 중, 구글링을 좀 해보고 사람들이 혹시나 환급 확인을 먼저 해보라고 해서 Chase를 확인해봤더니 아니 ㅋㅋ 들어와 있던 게 아닌가. 멍청하기 그지없다. 종종 tracking은 안 되지만 실제로 수신은 했을 수 있다고… 혹시나 분실이 되었다면 또 보내야 하고 좀 찝찝한 것도 (3월 초에 보냈다는 발송 증명이 있어 deadline인 4월 15일은 크게 문제가 되지 않지만 그래도) 있었을 텐데 정말 다행.

Somehow it feels like we go every Thursday😛, but today I went to study again with 종빈 and 윤서. This time we went straight to Timber + Tide, and lunch was so good. Since I kept wanting to work, I had been putting off a lot of miscellaneous tasks, so I organized them today. The first task was taxes. My federal tax return had definitely been confirmed as received, and I even got the physical receipt by mail, but I had not received anything for my state tax return. I kept putting it off, but when I checked today, what? USPS tracking had stopped on March 22. I was supposed to get a refund of almost 2,600$, so I was extremely flustered. First, I filed a missing mail report and tried to contact the California FTB, but neither phone nor chat worked, so I was mentally falling apart. After some Googling, people suggested checking whether the refund had already arrived, so I checked Chase and, wait😅, it was already there. So dumb of me. Apparently, sometimes tracking does not update even though the mail was actually received… If it had been lost, I would have had to send it again, and it would have felt uncomfortable, even though I had proof that I mailed it in early March, so the April 15 deadline would not have been a major issue. Still, I am really relieved.

두 번째 일은 Shokat Lab webpage 관리. 최근에 domain hosting을 UCSF 관리하에서 하고 싶어서 (보안 문제 등) 이전을 했는데 아니 지금까지 올렸던 PDF accessibility가 UCSF 기준에 맞지 않아 전부 수정을 해야 한다는 것이 아닌가? 그래서 이 문제를 해결하느라 시간을 많이 보냈다. 일단 vendor를 통해 batch remediation하는 쪽으로 가야 하는데 어떻게 될지는 잘 모르겠다. 지금까지 이 부분으로는 7년 동안 업데이트를 안 했다고 한다..😅 마지막으로는 주식인데, 최근에 (사실 그리 최근은 아니다) 액면분할이 된 종목이 있어서 매수/매도 기준 daily tracking하는 로직을 좀 손봐야 했는데, 사실상 대강 감으로 (물론 보수적으로) 매수/매도를 해왔다. 잘 풀리긴 했는데 그래도 확실히 정해둔 기준으로 쭉 하는 게 나을 것 같고, 기록도 어차피 해야 해서 오늘 마침내 손을 봤다.. 잡일?이 끝나고 곧 있을 미팅(side project)을 위해 내용을 정리하고 다시 Bay로 돌아갔다. 미팅을 잘 끝내고, 다행히 내 동기도 오늘 퀄을 잘 통과해서 DGL 사람들과 축하 파티를 갔다. 원래 보통 한 시간 있다가 그냥 집에 가곤 했는데, 이제 마음도 좀 편해져서 처음으로 끝까지 있었고 정말 재미있었다. 영어 때문이라고 생각했는데, 내 마음가짐과 노력이 부족하지 않았나 생각해보게 되는 하루였달까.

The second task was managing the Shokat Lab webpage. Recently, we moved the domain hosting under UCSF management because we wanted UCSF to manage it, for security and other reasons. But then, it turned out that the accessibility of the PDFs uploaded so far did not meet UCSF standards, so all of them need to be fixed. I spent a lot of time trying to solve this issue. For now, we probably need to go with batch remediation through a vendor, but I am not sure how things will go. Apparently, this part had not been updated for seven years..😅 The last task was stocks. Recently, though actually not that recently, one of the stocks I track had a stock split, so I needed to adjust the logic for daily tracking based on my buy/sell standards. In reality, I had been buying and selling mostly by feel, though conservatively. It worked out well, but I still think it is better to consistently follow clearly defined standards, and I needed to record everything anyway, so I finally fixed it today.. After finishing these miscellaneous tasks, I organized materials for an upcoming meeting, a side project, and went back to the Bay. The meeting went well, and fortunately, my cohort member also passed the qual today, so I went to a celebration party with DGL people. Usually, I would stay for about an hour and then just go home, but now that I feel a bit more relaxed, I stayed until the end for the first time, and it was really fun. It was a day that made me wonder whether I had been blaming English too much, when maybe my mindset and effort were also not enough.

Friday, May 1

일어났더니 드디어 2월에 제출했던 논문에 대한 revision이 왔다! Editor가 reviewer를 찾는 데 고생을 해서 늦어져서 미안하다고 말해줬는데, 다행히도 내용을 마음에 들어 했고, minor revision 이후에 게재할 수 있을 것 같다고 한다. 운이 좋게도 전에 Kevan과 얘기하면서 추가로 수행한 실험이 reviewer의 한 comment를 해결할 수 있기도 하고, 엄청 크게 또 실험을 더 해야 한다거나 할 건 없어 보여서 열심히 주말 내내 하면 빠르게 제출할 수 있지 않을까 싶다. 오후에는 나를 포함해서 두 명의 새로운 PhD candidate, 그리고 다음 주에 떠나는 visiting scholar를 위한 또 다른 party(picnic)에서 시간을 보냈다. 샴페인 병에 통과한 날과 이름을 적고 학위 과정 내내 간직하라는데 ㅋㅋㅋ 뭔가 실감이 나는 것 같기도 하고. 요즘 계속 저녁에 일정이 있어서 러닝을 못했기에, 오늘은 일찍 자리에서 일어나 기분 좋게 러닝을 뛰고 푹 잘 잤다.

When I woke up, the revision for the paper I submitted in February had finally arrived! The editor apologized for the delay, saying they had a hard time finding reviewers, but thankfully, they liked the content and said it should be publishable after minor revisions. Luckily, an additional experiment I had done after discussing it with Kevan before can address one of the reviewer’s comments, and it does not seem like we need to do any huge additional experiments. So if I work hard through the weekend, I think we may be able to submit it quickly. In the afternoon, I spent time at another party, a picnic, for two new PhD candidates including me and a visiting scholar who is leaving next week. They told us to write the date we passed and our names on a champagne bottle and keep it throughout the degree. Somehow, it made things feel a little more real. Since I have had plans in the evenings recently and could not run, I left the gathering early today, went for a pleasant run, and slept well.

Saturday, May 2

오늘 revision을 거의 끝냈다. 이런 process가 전부 처음이다 보니 참 새로운 것들을 배우게 되는데, 이 과정을 겪을수록 세상에 나와 있는 여러 논문들이 또 얼마나 대단한 건지 여실히 깨닫는 중이다. 품이 참 많이 들어가는 과정이랄까. 하지만 출판이라는 것이 (특히 과학은) 엄격해야 하는지 충분히 이해가 되기에 이 과정도 아주 중요하다고 생각한다. 아마 내일 Kevan과 Qinheng이 답장을 주는 대로 또 수정을 하고, 큰 문제가 없으면 곧 제출할 듯싶다.

I almost finished the revision today. Since this whole process is new to me, I am learning a lot, and the more I go through it, the more clearly I realize how impressive the papers out in the world really are. It is such a labor-intensive process. But I fully understand why publishing, especially in science, needs to be rigorous, so I think this process is very important too. Once Kevan and Qinheng reply tomorrow, I will probably revise it again, and if there are no major issues, we should be able to submit it soon.